正殿为释迦宝殿，传由北宋书法家米市书额。元延佑年间（1314-1321）毁于火，不久重建。该寺有佛牙舍利，作为镇寺之宝。据说明世宗嘉庆年间，夜间轮藏下经常有毫光发射，寺内和尚怀疑它的底下窖藏着金银，于是发掘开来，发现有两方石刻，很像王羲之、王献之父子的书法，但没具名。后字迹风化剥蚀不清，也没有人及时将文字拓下来，成为一件憾事。明代曾多次修缮。清乾隆三十四年（1771），候补知府秦兆雷建造了大悲楼五间。清道光十三年（1833），妙厣和尚增建观音楼。咸丰十年，因太平军战事，寺院遭毁，成为一片废墟。同治年间，若金和尚重建山门和大殿等，恢复香火。 据传，北禅寺旧时占地面积2111方丈余。寺内还建有大土阁，高百尺。寺内有2口古井，其中的一口因烧出的水有清香，故名檀香井，人都用之，天长日久，另一口井渐废。明末清初敛事冯夔造屋，开始侵占寺的地基。至清光绪年间，寺地仅剩6亩4分多了。1912年，侯鸿鉴租借地基5亩另4厘，将1905年创办的私立竞志女校迁至北禅寺旁，建了校舍。自用房仅剩1亩有余。主持道林任职直到1985年宗教制度改革，寺庙合并为止，该寺当时是保留开放的单位之一。最后一主持是自醒，僧人10余人。
1962年，无锡佛教净业社附设于寺中。“文化大革命”初，逐出寺人，寺庙被拆除改建成民房，仅剩5间。竞志女校在解放后成为无锡市第二女子中学。1972年改为第十二中学。2001年改为东林中学初中部。1988年，原旧房拆除，改建成居民新大楼，山门上的匾额，刻有“北禅寺”3个字的3块大方砖也丢失了。学校对面是社会保险基金管理中心（归入劳动保障局）所在。现只留下北禅寺的地名。