晋江发源于戴云山脉东南坡，中上游分东西两溪，两溪汇于南安县丰州镇英兜村前的双溪口，始称晋江。
西溪为晋江正源，发源于安溪县桃舟乡达新村附近的斜屿山（海拔1352米），流经安溪县桃舟、永春县一都和横口、安溪县剑斗、白濑、湖上、湖头、金谷、蓬莱、魁斗、城厢、凤城，在城厢镇仙苑村纳蓝溪后始称西溪，再入南安县仑苍、美林、溪美，至丰州双溪口与东溪汇合，全长约153公里，流域面积3101平方公里，占晋江流域面积的55.1%。西溪多年平均径流量为36.5亿立方米，水量约占晋江总水量的65%左右；水位季节变化大，1935年洪流量曾达8500立方米/秒，枯流量1963年为1.68立方米/秒；天然落差大，河道平均比降约6.5‰；多年平均含沙量为0.73千克/立方米；支流多，流域面积在100平方公里以上的支流有9条。
东溪源于永春县锦斗乡珍卿村附近的雪山（海拔1386米）南麓，流经永春县锦斗、呈祥、蓬壶、达埔、石鼓、五里街、桃城、东平等乡镇，在永春境内称桃溪，至东平乡东关桥纳湖洋溪后始称东溪。后出东关入南安县，经山美水库、码头、梅山、洪濑、康美、美林、丰州等乡镇，在丰州双溪口与西溪汇合流入晋江干流，全长120公里，流域面积1917平方公里，占晋江流域总面积的34.1%。东溪多年平均径流量14.0亿立方米，流域面积100平方公里以上的支流有5条 。
晋江干流从双溪口流经丰州进入鲤城区，经北峰、浮桥、市区、东海，在东海镇浐埔村流入泉州湾，全长29公里，流域面积611平方公里，占晋江流域总面积的10.8%。晋江干流多年平均径流量51.3亿立方米，流域面积在100平方公里以上的支流有1条。晋江从西溪河源至河口浐埔全长182公里，干支流全长320公里，流域面积5629平方公里。根据东溪、西溪和干流的河谷性质和河水流动情况，把晋江分成上、中、下游3段：从西溪、东溪源头分别至安溪湖头和永春，统称为上游，上游支流多，河道比降大，水流湍急，水力资源丰富；从湖头和永春至双溪口，统称中游，中游河道比降变缓，水量丰富；双溪口以下为下游，下游支流少，河道比降小，河床展宽，两岸阶地发育，水流缓慢 。 晋江东溪支流 晋江东溪流域面积在100平方公里以上的支流有桃溪、湖洋溪、诗溪、淘溪、罗溪。
桃溪：发源于永春县锦斗乡珍卿村附近的雪山南麓，流经永春县锦斗、呈祥、蓬壶、达埔、石鼓、五里街、桃城和东平8个乡镇，出东关入山美水库为晋江东溪，全长61.75公里，主流自珍卿村口拱桥至东关出县境长48公里，流域面积476平方公里，为永春县境内最主要的河流。桃溪河道比降平均为6.2‰（至水文站），河床最宽处百米以上。历史上舟楫可通至石鼓潭，1958年仍可通至儒林的义烈祠后，以后因水土流失严重，河床淤积，已失去舟楫之利。桃溪较大的支流有壶东溪、延清溪、达里溪、高垄溪。壶东溪发源于永春县苏坑乡马鞍与德化县浔中镇的交界处，流经熙里、东星、溪园、魁都、汤城、壶中，在双溪口与桃溪汇合，全长13.75公里，流经苏坑和蓬壶2个乡镇。延清溪发源于永春县蓬壶镇联星村，流经溪源、前峰、蓬莱、建国，在达埔乡新琼村汇入桃溪，全长8公里。达里溪发源于永春县达埔乡达山，流经达中、金星，在桥头宫注入桃溪，全长8公里。高垄溪有2个源地：东源于吾峰乡吾顶，流经梅林、后垄、埔头、社山、西安，在五里街镇西安桥下汇入桃溪，全长11.5公里；西源于桃城镇玳瑁山西面，流经蒋溪、吾达、吾东，在五里街镇与高垄溪相汇合，全长4.5公里。
湖洋溪：发源于仙游县西苑乡西部，流经德化县霞碧乡，由双坑入永春县境内，在湖洋镇境内，纳双港坑、玉柱溪、桃美坑、锦溪、介福溪、吴岭坑之水，进入东平乡转向东南至内碧纳上坂溪，再折向西南，在外碧纳外山溪，至东关桥下汇入桃溪，全长44公里，在泉州市境内长32.1公里，流域面积416平方公里，河道平均比降6.5‰。湖洋溪有3条主要支流：锦溪、介福溪、外山溪。锦溪发源于德化县霞碧乡西南部冷水坑，入永春境内后经湖洋镇坂头，在清白大桥上汇入湖洋溪，全长9.5公里。介福溪发源于永春县介福乡龙津村，流经杨尾、东林、溪西，至龙山汇入湖洋溪，全长16.5公里。外山溪又名濛溪，源于白山、石厝，流经外山和东平乡，沿途纳福溪、草洋坑等支流，至东平乡外碧村纳入湖洋溪。
诗溪：发源于永春县岵山镇白云岩，自西北向东南流入南安县诗山镇，于鹏峰村纳源于蓬华乡将军山的另一支流，经码头镇，至诗口村汇入晋江东溪，全长44公里，流域面积260平方公里，河道平均比降6.1‰，河床宽30～80米。诗溪因流经诗山而得名。诗溪流经码头镇部分又称码头溪，是古代内陆水运要道。码头街是当时南安北部物资集散地。
淘溪：发源于南安县诗山镇山门和金淘镇与眉山乡交界的朝天山，自西向东流经金淘、梅山两镇，在梅山林坂村汇入晋江东溪，全长22公里，流域面积119平方公里，河道比降8.7‰。淘溪因溪中沙滩含有黄铁矿及云母片，古人误认为金沙，故在溪中淘取金而名。淘溪两岸席草遍野。
罗溪：发源于鲤城区罗溪乡朴鼎山（海拔753.5米），自东向西流入南安县罗东镇，至土宅村纳飞云诸涧水，向西南流经罗东、梅山两镇，在梅山园尾村入晋江东溪，全长41公里，流域面积249平方公里，河道比降7.8‰，下游河床宽30～100米。 晋江西溪支流 晋江西溪流域面积100平方公里以上的支流有一都溪、蓝溪、龙潭溪、坑仔口溪、双溪、金谷溪、龙门溪、潮碧溪、英溪和东田溪。
一都溪：发源于永春县一都乡仙友村任田，向东南流经仙友村，纳西南的仙友坑水，至中坂纳三村溪；至溪尾南有流尾坑，北有黄田溪；经龙蛟厅至下口坡与安溪县的尾溪汇合，后转向东北至三岭，纳北面大坂溪后又转东南，经福德头向东流至横口与大横溪汇合后入安溪县剑斗镇小横，全长44公里，流域面积416平方公里，河道比降11.2‰。全流域森林茂密。大横溪是一都溪的主要支流，发源于永春县下洋镇大横村的袋坑，经大横凤山洋与盆村溪相会，向东南经溪塔纳西坑溪，转南绕西至长厅再向西南至横口村汇入一都溪，流经下洋和横口两乡镇，全长24.4公里，主流长13.4公里，流域面积148平方公里，河道比降10‰～20‰。流域内森林茂密，1960年以前，终年可畅通木排。
蓝溪：是晋江西溪的最大支流，又称官桥溪，发源于安溪县芦田乡莲花山（海拔1225.2米）南麓，流经芦田、西坪、虎邱、官桥，至城厢乡仙苑渡口汇入西溪，全长52公里，流域面积551平方公里，河道比降10.5‰，水源丰富。主要支流有后格溪、内赊溪、芳亭溪、竹园溪和龙口溪等。
龙潭溪：又称长坑溪，发源于安溪县长坑乡珊屏附近的同发山（海拔1504.8米）。流经长坑、尚卿、蓬莱，至金谷乡源口汇入西溪，全长55公里，流域面积416平方公里，河道比降为11.4‰，水流湍急，水力资源丰富，沿溪建有水电站多处。主要支流有后溪、玉美溪、青洋溪和新楼溪等。
坑仔口溪：源地有二：其一源于永春县桂洋乡岐山流向西南，在桂洋乡内东有文太溪、新岭坑，北有茂春溪；其二源于永春县下洋镇涂山，流向东南，在磨石坑纳上姚溪。两源在坑仔口乡的洞口汇合，后南向经坑仔口和玉斗乡，纳诗元坑、玉斗溪、福地溪等支流，转向西南进入安溪县剑斗镇，于举口汇入晋江西溪，全长42公里，流域面积290平方公里，河道比降14.6‰。坑仔口在安溪县境内因流经潮碧和举口两地，又称潮碧溪、举口溪。
双溪：别称剑斗溪。发源于安溪县感德乡潘田村海拔1301.4米石门堪南麓，流经感德、剑斗，在剑斗附近汇入晋江西溪。沿程纳主支流歧阳溪（发源于长坑乡西北部，流经长坑、感德和剑斗等乡镇），全长20公里，流域面积127平方公里，河道比降29.6‰。
金谷溪：别称佛口溪。源地有二：即源于安溪县金谷乡东溪附近的大吕山（海拔1074.4米）南麓和永春县达埔乡的天马山（海拔838.7米）南麓，自西北向东流，经金谷乡的东溪、芸美至金谷汇入晋江西溪，全长19公里，流域面积112平方公里，河道比降25.7‰。
龙门溪：又称坂头溪，是蓝溪的最大支流。发源于厦门同安县西北部水洋山（海拔756米），初由西南向东流4.5公里后转北流，入安溪县龙门乡，流经龙门、官桥等乡镇，沿途纳桂溪、仙地溪、寮山溪3条主要支流，于官桥汇入蓝溪，全长27公里，流域面积203平方公里，河道比降13.5‰
潮碧溪：又称举口溪、坑仔口溪，属安溪境内西溪第三大支流。发源于境外永春县海拔1207米的天湖山南麓，初北流向东南，经永春下洋，入境内潮碧，于举口汇入西溪干流，流程全长42公里，流域面积290平方公里。
英溪：发源于南安县翔云乡与安溪县龙门乡交界的云顶山（海拔1175米）。自西南向东北流经翔云、英都、仑苍，至仑苍镇楼尾寨汇入晋江西溪，全长19公里，流域面积147平方公里，其上游筑有坂头水库（蓄水量1064万立方米）。
东田溪：又称蓝溪。发源于南安县东田乡与同安县新圩乡交界的芹山（海拔1095.4米）和铁峰山（海拔878.6米），自西南向东北流经东田、溪美，汇入晋江西溪，全长30公里，流域面积173平方公里，河床宽20～80米，河道比降10.4‰。东田溪上游是南安县暴雨区，年降雨量在2000毫米以上，水量丰富。 晋江干流支流 晋江干流支流少，流域面积在100平方公里以上的支流仅有九十九溪。九十九溪又名鹏溪，有两源，北源发源于南安县东田乡后洋，流经东田、溪美、丰州、官桥等乡镇，在官桥后林进入晋江县磁灶镇；南源发源于南安县官桥镇黄山，流经官桥镇，在官桥进入晋江县内坑乡。南北两支流向东流至磁灶镇下官路汇合，称梅溪，再经池店、陈埭等乡镇，注入晋江下游入海处，全长47公里，流域面积354平方公里，河道比降1.6‰。沿途接纳崎溪、前埔溪、塘埔溪、倒桥溪、下灶、紫湖溪等支流 。