梅芳姑因恨石清移情别恋，因而抢走刚出生的石中坚（即后来的石破天）。石破天被带至熊耳山，经常遭到梅芳姑打骂。梅芳姑叫他做“狗杂种”，他便以为这就是他自己的名字。石破天从小学会了砍柴、做饭等种种家务，却大字不识一个，于世事、人心更是一无所知。一天梅芳姑忽然不见了，石破天自小相伴的那条叫“阿黄”的狗也不见了，便出去到处寻找，结果人和狗都没找着，自己却迷了路。
当石破天来到一个叫侯监集的小镇上时，适逢许多武林人物为一枚“玄铁令”大动干戈，他是个小乞儿的样子，谁也没注意，却因为饥饿太甚，捡了个混战中撒落在地的烧饼吃，意外地得到了“玄铁令”。正在众人发现，各各威逼利诱之时，玄铁令的主人“摩天居士”谢烟客适时赶到，将玄铁令夺回 。
谢烟客怕众人教唆石破天干不利与他的事，因而将石破天连令带人一起携走。因为梅芳姑的教育从不求人，因而谢烟客无论怎么利诱都无法使石破天求他 。
谢烟客无奈只好带他回自己隐居的摩天崖，途中石破天遇见几个武林人物围攻一个叫大悲老人的老头，便挺身而出，虽然没救成大悲老人，却在他临死之前做了大悲老人的朋友，得了他一套载有武功的泥人。到了摩天崖，谢烟客传授石破天两种极阴、极阳的内功，想让他走火入魔而死，以绝后患 。
石破天长到十八九岁时，修炼武功时经脉相互激烈冲撞而至昏迷，恰逢长乐帮众人误以为石破天是他们的帮主，将他劫回帮中。帮中的医道高手“着手成春”贝海石将石破天救活，反而成就了他“阴阳合一”的无上内功。贝海石等人知道“狗杂种”不是真的石破天，但因他长相与石中玉酷似，当初石中玉偶遇长乐帮，因长乐帮上下无人出任帮主接受赏善罚恶令赴侠客岛送死，于是拱他出任长乐帮帮主石中玉不久也明白长乐帮的用意，于是逃离长乐帮总舵沦为乞丐。人算不如天算石中玉又被长乐帮西北分舵抓住了。贝海石命令西北分舵马上把石中玉押解到长乐帮总舵。没想到石中玉又耍诡计逃走了军师贝海石无奈，石中玉逃回玄素庄没想到被梅芳姑截走谁想到贝海石却说帮主已经回到了长乐帮还说帮主这次只是受了点惊吓等身体康复就会来料理帮内大事为了恭贺帮主回来帮主决定遍撒绿林贴广招天下所有的英雄豪杰相聚长乐帮特别是石清闵柔夫妻鬼祟你们俩个人就去请石清闵柔夫妻鬼祟二人来到了玄素庄石清说你二人是谁鬼说我二人是到长乐帮的差役奉帮主之命特请二位去长乐帮的石清说这么说你们帮主回长乐帮鬼说那是那是闵柔说是玉儿祟祟说帮主吩咐请二位老人家越快越好闵柔说我们这就上路贝海石说“真是稀客敝帮能有黑白正直双侠光临真是三生有幸。石清说贝先生我石清今日造访贵帮只是想见我的玉儿。贝海石说不忙不忙二位请鬼说祟祟今天的事有点不对祟祟说我也感觉有点不对鬼说你说帮主的爹娘来了帮主竟然没出来迎接祟祟说你这就外行了吧这叫大尾巴狼玩深沉你想啊帮主统领数万弟兄八面威风他能掉这个价吗鬼说也是帮主他妈可够年轻的祟祟说你癞蛤蟆想吃天鹅肉那是帮主他妈要是让帮主知道了非得让你上刑石台石清说贝先生既然我的玉儿已经回帮那就请让我把他带走吧贝海石说不错令郎是本帮帮主也是我们大家推选的他年轻老成德高望重才智过人武艺超群实在是难得的人才。石清却说贝先生真是高抬犬子了贝先生主持长乐帮日理万机几年的时间就把长乐帮变成江湖上人人尽知的泱泱大帮真是可喜可贺不过我的玉儿年轻的很肩太嫩担当不起如此重任你还是让我把他带走吧。贝海石说“贝某暴病多年石庄主真是高抬我了二位大侠贝某备了些水酒便菜不知二位肯不肯赏光接孩子回家的事我们还可以再商量是不是石清说好那我们就打扰了 鬼说你说帮主的父母来了他怎么不见呢祟祟说要你怎么说有高人三人行必有我师鬼说“你说帮主怎么能这么做啊祟祟说还不是给他们一个意外的惊喜鬼说帮主行事总是不合规矩祟祟说要不人家怎么当帮主鬼说我明白了咱们做事循规蹈矩所以做不了帮主这不循规蹈矩的人才能做帮主贝海石说长乐帮虽然不是武林至尊却还可以和雪山派抗衡眼下雪山派正在缉拿帮主这中间又有不三不四在中间搅扰难道二位大侠能确保帮主平安无恙吗石清说当然能有我石清在世上就有公理在。贝海石说什么公理呀？石清说我石清不是沽名钓誉之徒石破天本是石中玉他既然违犯了雪山派的门规犯下罪错我夫妻也应该先带他去凌霄城听从发落倘若侥幸生还我会亲自把他带到贵帮的闵柔说我们夫妻说话何时又不算数了近一年我们走遍天涯就是为了要找到我儿中玉既然你们迎他回归这也是有缘分了。石清说贝先生我们是不是贝海石说帮主在上风雨台休息我们做属下的实在不敢去打扰闵柔说我们何时才能见到玉儿我已经等得不耐烦了祟祟说贝先生帮主醒了请你去风雨台议事贝海石说你马上去告诉帮主石庄主夫妻已经到二位大侠咱们现在就一起去风雨台见帮主吧石清说贝先生请带路贝海石说二位稍等属下贝海石拜见帮主闵柔说他们帮里的规矩这么多贝海石说二位请闵柔说玉儿玉儿我们可石清闵柔夫妻掉进了监狱闵柔说“你们帮主我的玉儿决不会饶过你们的。贝海石说闵大侠在下也是有苦难言敝人正是奉了帮主之命没有我的命令谁也不能见石清闵柔夫妻你们俩个要严加防范石清闵柔夫妻绝不能放走石清闵柔夫妻明白吗。”鬼说“属下有些不明白。”贝海石说“你讲。”鬼又接着说“你说你把石清闵柔夫妻扣押起来帮主他还能回来吗？”贝海石说“帮主是个大孝子我们扣住石清闵柔夫妻就是为了要请帮主回来江湖上十年一次的劫难日益临近你们说帮主不在我们能抵挡得住吗。”祟祟说“不能。”贝海石又接着说“鬼祟听着传令遍撒绿林贴让天下所有的门派都知道石清闵柔夫妻已经到了我们长乐帮。祟祟说“贝先生万一帮主一辈子不回来我们是不是要供奉石清闵柔夫妻一辈子。贝海石说“我再说一遍你们俩个要严加防范石清闵柔夫妻绝不能放走石清闵柔夫妻石清闵柔夫妻万一有个闪失别怪我贝某。石清说道石清啊石清你聪明一时糊涂一世大风大浪都过来了今天怎么就翻在小河沟。”闵柔说“清哥都怪我不好这些年我思儿心切还把你拖累成这样。石清说闵妹什么都不要说了你也不必自责我石清何尝不是思儿心切。闵柔说玉儿就算再糊涂也不至于把我们扣在这好端端的一个人怎么会变成了这样自从在水磨坊见到玉儿后我的心都快碎了。侍剑来监狱送饭，闵柔说姑娘告诉你们帮主他的父母石清闵柔夫妻到了长乐帮我求求你了一定要把话带给你们帮主。祟祟说“我倒是可以给你送信那得需要些黄的。鬼说这年头说话的时候响当当。祟祟说“给钱的时候就都打焉了。闵柔说“我求求你们把石清放下来时间长了血脉不通他会变成残废我求你们。鬼说这就叫是龙你得盘着是凤你得卧着要放他那得等到铁树开花。祟祟说你看闵大侠这棵老铁树不是已经开花了吗。侍剑去了贝海石的房间看见贝海石睡着了就拿走贝海石的扇子谁知贝海石突然醒过来了贝海石说这扇子侍剑说刚刚贝先生睡着了我怕这扇子掉在地上我给你送到书房去贝海石说给我吧侍剑说贝先生我给你沏壶茶吧贝海石说这些日子辛苦你啦早点回去休息吧侍剑说我觉得不太舒服贝海石说来孩子我给你把把脉心火上升夜不能寐不要紧回头我给你开方子侍剑说我现在觉得头痛得厉害心里发慌贝海石说这样吧我这里还有一些我过去配制的丸药我去给你拿一下侍剑趁着贝海石在药柜里找药把扇子拿走了来到监狱说贝海石要放了石清闵柔夫妻。鬼说这不对呀贝先生怎么又中途改变主意了。侍剑说我怎么知道。祟祟说是啊侍剑姐姐贝先生那可是深不可测。”鬼说“这不对呀放走了石清闵柔夫妻二人帮主什么时候能回来呀。祟祟说是呀我得去问问贝先生。”侍剑说“难道你们连贝先生的命令都不听了。祟祟正要打开镣铐。鬼说“等等我总感觉这件事有蹊跷贝先生还说什么了。”侍剑说“贝先生说石清闵柔夫妻二人知道帮主的下落放了石清闵柔夫妻帮主自然就会回来这叫引蛇出洞。”祟祟说“引蛇出洞有石清闵柔夫妻二人帮主都没回来若放了帮主什么时候能回来呀。侍剑说贝先生运筹帷幄难道帮内有什么大事都得让你们知道不成好你们不放石清闵柔夫妻是吧我这就告诉贝先生。鬼说别我们放就是了。侍剑又送他们到了城外里说“石大侠其实帮主根本就没有回帮中我已经把马给偷了你们看翻过前面那坐山就到江边。说完侍剑就回去了在路上遇见了鬼祟。鬼说你把我们俩都耍了侍剑你可真会吃里扒外呀你盗走了贝先生的扇子放跑了石清闵柔夫妻。祟祟说说你把石清闵柔夫妻藏哪了。侍剑说石清闵柔夫妻已经过江了这个时候贝海石赶来了把扇子给拿回去了说道真想不到你你从小失去父母我苦苦把你抚养了十几年你就这们对待我。侍剑说贝先生我也是为了你好啊你想那石清闵柔夫妻真有个什么闪失我怕帮主回来不好交待呀。贝海石说那你就不怕我吗真是越亲近的人越难防侍剑你太让我失望了。侍剑说“那我这就去死。贝海石说那好我成全了你。侍剑说贝先生不用劳你大驾你常告诉我士为知已者死为了帮主我甘愿。侍剑准备服毒自尽贝海石抢下毒药说若不念在我抚养你十几年的份上。最后贝海石决定把侍剑赶出长乐帮 只得找了忠厚老实但相貌酷似石中玉的石破天来因此故意将错就错，让他冒名顶替，以替他们消解即将到来的灾难，贝海石在他昏迷时用手术弄上去肩上的疤痕 。
在昏迷时，丁珰偷来玄冰碧火酒压住了他体内阴阳二息的交拚。在石破天醒来后又练起了泥人上武功而内息力道混乱至，这时展飞因为石中玉曾调戏其妻子的缘故而对石破天檀中穴出了一掌。也使得震得石破天吐出丹田内郁积的毒血，水火既济，这两门纯阴纯阳的内功非但不再损及他身子，反而化成了一门亘古以来从未有的古怪内力。随后石破天帮助展飞瞒下了罪行，使得侍剑也对他另眼相看 。
后狮威堂陈冲之以为得罪石破天并误以为被下毒，便带石破天去关押花万紫的地方，石破天见到后便要求把花万紫放走。之后遇上丁珰，并被带去见丁不三。丁不三得知玄冰碧火酒被石破天喝掉，因而威逼石破天与丁珰结婚 。
在石破天揭开丁珰红盖头时，贝海石相告雪山派的人前来问罪。
石破天便回到长乐帮，见到白万剑等人。种种误会之下石破天被白万剑捉走，后遇到石清、闵柔。之后石破天被丁珰、丁不三救出。丁不三见其太笨，要求他十天内打败白万剑。后来丁珰为了保护石破天将其扔到白阿绣的船上。
丁不四想要史小翠让上碧螺岛，史小翠要求其传授石破天武功并打败石破天才行。但因石破天内功浑厚，丁不四便与石破天一直耗着。快到碧螺岛时，史小翠便与阿绣一同跳入江中，石破天为救她们也向江中跳去 。
三人被江水冲到了紫烟岛，在岛上史小翠收石破天为徒，为了胜过雪山派便并让他改名“史亿刀”，随后传授“金乌刀法”。在练武过程中，阿绣为了以后父亲的面子，也教了石破天一招“旁敲侧击。
雪山派白万剑等人与丁不三、丁不四都来到紫烟岛便大打出手，石破天为救白万剑等人而与其联手 。
随后众人离开后石破天也找不到史小翠、白阿绣，便也乘船离开紫烟岛。
后石破天遇上侠客岛的赏善惩恶二使张三、李四，并喝了他们的药酒，并结为兄弟，后来也救了二人性命 。
石破天在上清观遇上了石清、闵柔，为了帮助二人拿到两块铜牌误伤照虚、通虚。后来天虚向石清、闵柔问罪时又使其中毒，误会澄清后，石破天为三人解毒，并与石清、闵柔离开 。
石清、闵柔意识到石破天是被长乐帮用来接”赏善罚恶令“，并一同前往长乐帮 。途中石破天遇上丁珰，便被带走。后遇上丁不四和关东四大门派的人，石破天救了关东的人。
在长乐帮中，张三、李四帮助石破天解开了种种误会，见到了与自己相貌一样的“石中玉”，而后石破天仍以帮主的身份接了侠客岛的“赏善惩恶令”，石中玉则被石清、闵柔带去雪山派领罪 。后来丁珰为救石中玉，将石破天替换掉了石中玉。
石破天等人赶回雪山派，石破天凭借自己的盖世神功消解了雪山派的门户之变，治好了白自在的疯病。这时谢烟客在石中玉的唆使下，赶来向雪山派寻仇，但石破天的出现终于使一切真相大白，石破天这时求谢烟客带走石中玉直到变好为止，而丁珰也彻底弃石破天而去 。
不久石破天随白自在等武林高手持令前往“侠客岛”，在岛上经历一番惊险后，终于弄明白了三十年来许多武林高手前往“侠客岛”一去不返的真相：岛上一个山洞里的石壁上刻着“诗仙”李白的那首叫做《侠客行》的五言古诗，其中隐含了一项绝顶神功《太玄经》 。
侠客岛主从中土以赏善惩恶令逼来众多武林高乎，只是为了一起参详这项神功，但各人见仁见智，谁也破解不了，而对武学的酷嗜，却使这些人面对石壁神智痴迷，再也不想离开这个山洞，石破天听着众人的争论，看着他们痴迷的样子，只是感到害怕，却不明所以。众人都在诗句分解注释的各个小山洞，他因为不识字，在那儿既害怕又看不出个究竟来，便来到刻着整篇诗的大洞。不料他往石壁上一看，目中所见都是一把把形态、剑势、剑意各各不同的利剑，所有的文字于他毫无实际的意义可言，他顺着剑势、剑意看去，内息自然而然随之流动，手舞足蹈，待得从头至尾看完一遍，这项《太玄经》神功已是被他练成了 。
回归中土后，救下了正跳入海中的史小翠、白阿绣。后为解一桩武林疑案，他随丁珰的叔祖“一日不过四”丁不四等去寻找他的女儿，终于又回到了小时候居住的荒山。
梅芳姑得知石清变情正是自己太过优秀，而后自尽，石破天的身世便也难明白 。