清廷准备东征的情报报到台湾，郑克塽与群臣商讨迎战办法，议定固守澎湖，阻止清军东进。拜武平侯刘国轩为正提督，从台湾各地抽调精兵2万余人、战船200余号，开赴澎湖。
大战在即，康熙帝再作和平统一的努力，派员赴台招抚，郑克塽执迷不悟：“请照琉球、高丽等外国例，称臣纳贡，不剃发、登岸。”康熙帝坚持台湾是中国领土，断然拒绝：“台湾贼原本都是闽人，不得与琉球、高丽比。”
至康熙二十二年(1683年)5月，施琅已作好了跨海东征的一应准备，康熙帝下达诏令，将进取台湾付诸实施。
6月上旬，清军水师聚集铜山海面。11日，施琅会集将校，交代各自职责，申明军纪。13日，举行了庄严的祭江仪式。
遵照康熙帝歼敌精锐于澎湖，则全台望风披靡的战略，施琅决定在澎湖与郑军决战，力求全歼其主力。
14日早上，清军水师2.1万人、战船230艘，自铜山浩浩荡荡开赴澎湖，海面上桅如林、帆如云，螺号声远扬，旌旗遮天蔽日，一派威武壮观景象。
经一昼夜，清军已临近澎湖，刘国轩令严阵以待，勿得主动出击。他本以为，时值6月天气，海上多风，坚守不战，大风一起，清军不战自溃。
16日黎明，施琅作试探性进攻，探知了郑军的虚实后，制定了集中优势兵力歼敌主力的计划。在战略上，以专门营造的坚固高大战船106艘，从两个方向攻击郑军中军大营的妈宫城，又以80船作为预备队。在战术上，规定每以5船围攻敌船一艘。
22日早上，规模空前的澎湖决战展开，施琅亲率56船冲锋在前，郑军主将刘国轩令各船出港迎战。
施琅先发制人，离郑军一箭之地时，突发火箭，又将火船放出，顺风顺势冲去。郑军船只接连起火，士卒纷纷跳水逃生。施琅挥动令旗，清军趁势杀入敌阵，远者箭射，近者枪刺，由于清军船只特别高大，而郑军船只体小，又年久失修，故而被撞翻、撞坏者接踵不断。
战至半酣，施琅又将预备队生力军投入，战斗空前激烈，据史书记载：炮火矢石交攻，有如雨点，烟焰蔽天，咫尺莫辨，两军大战，水为之赤。
激战至午后，郑军渐渐不支，清军穷追猛打，如秋风之扫落叶。刘国轩见大势已去，悲呼“天不助吾”，带着仅存的30余船忙忙从吼门出海，逃回台
湾。尚在岛上的近5000人全部投降，澎湖列岛遂为清军占领。是役中，郑军死伤被俘1.2万余人，194艘大小战船或被烧毁，或被倾覆，或成了清军的战利
品。
施琅对俘虏的郑军官兵妥善安排食宿，有伤的给予治疗，想回台湾与亲人团聚的不但不加阻拦，还给船放归，要他们转告台岛兵民：“判明情势，速作归降，可享受优待，不然即为澎湖第二。”这些人回去后，相互转达，台湾军心士气益发涣散，致风声鹤唳，草木皆兵!
6月26日，施琅上疏朝廷，报告澎湖战果。康熙帝降旨嘉奖，令照平定三藩例，从优叙议，论功行赏。有大臣奏请宜将剩勇追穷寇，一鼓作气杀入台
岛。康熙帝未予采纳，降旨说：“澎湖一战，郑军精锐已失，此时此势再作招抚，彼已无再战实力，恐会就范。台岛军民都是中国人，若以武力攻取，徒伤生灵，故
不宜再开杀伐。”
台湾众志瓦解，进退无措，康熙以宽大胸怀许不计前仇，从优叙用，两岸和平大业告成。
郑克塽见刘国轩大败而归，赖以维持的血本全军覆灭，又惊又怕，不知所措。部下有的主张去征服吕宋以为栖身之地，有的主张固守台湾，不惜殊死一
战。刘国轩力排众议，痛陈利害，力主归顺清廷：“清军势大，锐不可挡，我军众志瓦解，无力再战，更恐使台岛玉石俱毁。往吕宋千里海道，风浪莫测，岂可轻
率?弄不好葬身鱼腹。为今之计，唯有接受招抚。”群臣从身家性命出发，倾向于刘国轩的意见。
众志难违，郑克塽不无勉强地派礼官郑平英、客宾司林惟荣往澎湖见施琅，称愿纳款请降，但仍不提剃发、登岸。施琅严词拒绝：“若不剃发、登岸，决难准允，若无诚意，大军克日到达，勿谓言之不预!”
强兵压境，走投无路，郑克塽踌躇再三，在刘国轩劝谏下，终于作出了顺应大势的抉择，接受清廷的招抚条件，于7月11日再派刘国昌、冯锡范至施琅军中，递交降表及台湾地图、户籍册。
施琅派吴启爵，携郑氏降表及台湾来使入京，面奏康熙帝决夺。
一些满族大臣因郑氏反清20余年，怨大仇深，不同意郑氏请降，奏请直捣台湾，消灭郑氏。康熙帝不愧英明之主，对臣下说：“君子以德报怨，岂可
耿耿于旧怨?台岛军民同为炎黄子孙，今彼既愿归顺，理应接纳，使咸登衽席，***享升平，何忍再以刀刃相加?”他决定把握这一有利时机，使台湾和平回归，遂颁
发了一道恩威兼施的谕旨：