涉农资金具有范围广、层次多、专业性强和涉农利益直接等特性，由于上述特性就决定了涉农资金审计的若干特点，主要有:
(一)涉农资金审计延伸力度要求高
涉农资金大多由财政部门或农、林、水、土等主管部门进行拨付，经过乡镇再到各村后分配给村民，中间层次、环节较多，也最容易产生滞留挪用等现象。审计如果单从较上层资金往来看，很难发现相关问题的存在，只有抓住资金去向不放，一查到底才能够揭示资金运行的真实面貌。
(二)涉农资金审计风险大
由于涉农资金流经领域多，涉及管理人员素质参差不齐，属事故多发地段。尤其村级土地征用资金大幅增加的情况下，征地资金的管理使用亟需加强。从实际情况看，村级组织审计开展主要依据本级政府的指派，很多村级组织尚缺少监督意识，民主集中制流于形式，导致风险的潜伏性较深。由于涉农资金越往下层越分散，枝节越多，抽样审查的风险也就越大。
(三)涉农资金审计涉及领域广、专业性强
关系到“三农”方面的资金可以说范围很广，有农业种植、征地拆迁、农村公用设施、养老保险和合作医疗、村级财务、农村税费减负等各个方面，而涉农资金审计必须对农业扶持项目的立项、征地补偿标准的执行、涉农建设项目招投标合规合法公开性、专项资金筹集管理、村级集体经济运行等方面进行较为详尽的审查，不同行业都有自身的行业特点，依据的法律法规也不尽相同，审计必须熟悉相关联的专业知识，才能使自己的结论客观公正合理。