在宋元时期的黄帝祭礼中，黄帝陵庙致祭受到了高度重视，轩辕黄帝陵庙被列为重点加以整修维护。宋太祖开宝五年（972），遵太祖赵匡胤旨意，规定桥山黄帝陵三年大祭一次。元代对黄帝陵庙的祭祀也很重视，《元典章》中规定：黄帝是开天辟地的先祖，国家应当祭祀。明代对黄帝陵和黄帝的祭祀也非常重视。朱元璋即位之初，就认为轩辕黄帝不仅是医家的祖师，也是中华民族的远古祖先。明太祖洪武四年（1371），朝廷礼部议定祭祀黄帝的地方定在陕西中部县（今黄陵县），并规定三年大祭一次，皇帝亲撰祭文，派遣大臣赴桥山祭祀。桥山黄帝陵列为国家祭祀始祖的圣地，要求每次祭陵的祭文、祭祀日期、祭品名称、数量和主祭、陪祭官员姓名都要刻石立碑。又特遣中书省管勾赴黄帝陵致祭，这次祭祀留下至今所见的最早的一篇祭祀黄帝的祭文。洪武七年（1374），明太祖降旨在轩辕庙大殿内塑造轩辕黄帝坐像一座，以便瞻仰祭祀。今黄帝陵保存有明太祖、成祖、宣宗、代宗、英宗、世宗、穆宗、神宗、熹宗等皇帝遣使到黄帝陵致祭的碑文。清代沿袭明代定制，在桥山黄帝陵举行国祭，一般三年祭祀一次，此外还有临时祭告。清朝黄帝陵庙的祭祀仪式隆重，规模宏大，次数较多，见于记载的有30次。光绪年间，台湾爱国志士丘逢甲在甲午战争后祭祀黄帝陵，留下诗句“袖中一卷英雄传，落日来登黄帝陵”。1908年重阳节，陕西同盟会祭扫黄帝陵，在祖先陵前宣读祭文，以表复兴中华民族之决心。