关于朱元璋葬在朝天宫的说法，至晚清代初年就有了。清初的王棠（字勿翦，其父为明崇祯间进士。）《知新录》中云：“俗说朝天宫是明太祖葬处，此讹言也。帝王大度，断不如是。元朝帝王无陵寝，其伎俩与瞒同。”王棠对当时明太祖葬在朝天宫的说法并不认同，当然，元朝帝王无陵寝是蒙古旧俗，说他们是学曹操（小名“阿瞒”）的伎俩是不对的。朱元璋葬在金陵朝天宫的说法虽然有人不信，但并不妨碍它继续流传，至少到清乾隆时期还有人相信这种说法，这要从清代著名学者全祖望的一首诗说起。
全祖望（1705-1755）字绍农，一字榭山。他十六岁时，出应乡试，以古文谒编修查慎行。查慎行对他大为赞赏，认为他是刘原父（北宋史学家刘敞）一类的人物。十九岁时，他由督学王兰生推选入京，上书待郎方苞，议论丧礼。方苞惊叹他博学，替他宣扬，由此声誉大起。雍正十年全祖望参加顺天乡试，得中举人。户都待郎李绂见了他的文章，赞赏道：“这是黄震、王应麟以后第一个人才啊！”邀请他到自己家中同住。乾隆元年他被推荐参加博学鸿词科，考试尚未进行，他就参加礼部春试，中了进士，选在翰林为庶吉士。他在翰林院与李绂一起攻读秘藏的《永乐大典》，甚是投契。
因大学士张廷玉与李绂交恶，嫉李、全相善，两年散馆时，他被列入最下等，以知县候选。他一怒之下辞官回到家乡宁波，著述授徒，从此绝意仕进。乾隆六年李绂典试江南，全祖望到南京去拜访他。全祖望的这首诗《从朝天宫谒孝陵》应是这时写成的：
钟阜衣冠是与非，朝天弓剑更传疑。难寻玉匣珠襦地，但见神功圣德碑。
开国谅无惭汉祖，嗣孙底是学曹丕。当年可笑山陵使，乱命何人为弼违。
全祖望自注云“世传高皇帝龙蜕在是宫不在陵也”，说明他是知道朱元璋葬在朝天宫的说法的。他说“玉匣珠襦”之地即朱元璋遗体葬处难以寻到，还责备朱元璋嗣孙朱允裳Р懿僦子曹丕，为先人制作疑冢，说明他是同意朱元璋葬在朝天宫的说法的。
另外，全祖望《题明太祖纪后》自注云：“是日以阻风，因游孝陵，归而赋此。”此诗应是他欲从水路离开南京，因风浪太大没有成行而顺便游孝陵后所作。
诗中有“闻遣车徒卜函谷，悔教弓剑瘗长干”之句，说的是朱元璋曾遣太子朱标到长安考察形势，有迁都的打算，可惜朱标回来后一病不起，迁都也最终没能实现，这是朱元璋应该后悔的。诗句中以“函谷”指代长安，以“长干” 指代南京，用“长干”可能是因为其地距朝天宫不远的缘故。
清嘉道年间的南京著名藏书家甘熙对朱元璋葬在朝天宫的说法提出了质疑。甘熙（1797-1857），清道光十九年进士，一生勤事纂述。同光以前私人写志之风已盛，甘熙之《白下琐言》尤负盛名。《白下琐言》的成书，前后达四十年左右的时间，为甘熙与同里金鳌、朱绪曾等一起收辑乡邦文献而成。书中除记录嘉道年间甘熙所目睹耳闻的故实，“乃祖乃父，旧有闻知”也在载录之列。《白下琐言》云：“朝天宫，宋为天庆观，元为元妙观，又改永寿宫，明初赐今额。明时，百僚朝贺习仪于此。世传三清殿下为明祖真葬处。”
甘熙认为，朱元璋死后葬于孝陵是正史上明确记载的，况且按常理来说，朱元璋亲自选定陵址，修建陵墓工程浩繁，动用银两过百万，前后建造数十年，岂能都是为马后一个人打算的？建文帝天性仁孝，又怎么忍心把太祖遗骸置于渺不可知之地呢？群臣难道没有目击这件事的吗？
对于一切都是朱元璋遗命的说法，甘熙与上文王棠“帝王大度，断不如是”的看法相似，认为明太祖朱元璋是从一介布衣打天下当上皇帝的，开宗立统，不免事事猜忌，这和汉高祖刘邦是相同的，但绝不是曹操那样的奸窃之流，不会师法曹操故布疑冢的伎俩。不管人们对朱元璋葬在南京朝天宫的说法信与不信，这个说法一直在民间流传着。