《与梦相约》中国物资出版社1993年
《用心灵守候你》中国社会出版社1995年11月
《忧郁扎成鲜花》上海人民出版社1996年4月
《文明的黄昏》中央编译出版社1996年7月
《驿路回眸》中国广播电视出版社1997年8月
《被思想惊醒》世界知识出版社1998年10月
《智慧的痛苦》世界知识出版社1998年10月
《在梦中搁浅》世界知识出版社1998年10月
《行走的祝勇·改写记忆》中国文联出版社1999年12月
《行走的祝勇·禁欲时期的爱情》中国文联出版公司1999年12月
《行走的祝勇·手心手背》中国文联出版公司1999年12月
《你有权保持沉默》大象出版社2001年2月
《绝境的地图》广东人民出版社2001年7月
《遗址：废墟上的暗示》中国文联出版公司2002年2月
《给堕落一个理由》云南人民出版社2002年5月
《天堂驿站：飞行摄影家赵群力的生命历程》光明日报出版社2002年9月
《蓝印花布》作家出版社2003年6月
《提问者祝勇：知识分子访谈录》花城出版社2004年1月
《凤凰：草鞋下的故乡（增订本）》中国旅游出版社2004年10月
《江南：不沉之舟》中国旅游出版社2004年10月
《祝勇序跋》古吴轩出版社2004年
《最后的罂粟》冷冰川∕图 生活·读书·新知三联书店2004年12月
《北方：奔跑的大陆》中国旅游出版社2005年1月
《1405：郑和下西洋六百年祭》花山文艺出版社2005年1月
《北京：中轴线上的都城》辽宁教育出版社2006年8月
《西藏：远方的上方》辽宁教育出版社2006年8月
《美人谷：尘世中的桃花源》辽宁教育出版社2006年8月
《再见老房子》辽宁教育出版社2006年8月
《江山美人》中国国际广播出版社2007年8月
《出走者》北方文艺出版社2007年12月
《帝国创伤》中国文联出版社2009年4月
《双城记·长城记》紫禁城出版社2009年8月
《双城记·紫禁城记》紫禁城出版社2009年8月
《散文叛徒》上海人民出版社2010年4月
《非典型面孔》生活·读书·新知三联书店2010年12月
《纸天堂：西方人与中国的历史纠缠》生活·读书·新知三联书店2011年6月
《辛亥年》生活·读书·新知三联书店2011年8月
《母亲与照片》祝勇2010-11-09 《旧宫殿》中国旅游出版社2004年2月
《血朝廷》上海文艺出版社2011年5月 《声音的重量》作家出版社1998年
《日本意象》中国旅游出版社2005年1月
《张仃：色彩的轮回》大象出版社2005年6月
《稻城：香格里拉精神史》人民出版社2009年 《1405，郑和下西洋》（中央电视台）
《利玛窦》（中央电视台）
《我爱你，中国》（北京电视台）
《辛亥》（北京电视台）
《霞客行》（上海东方卫视）
《西藏往事》（西藏卫视）