当对寡头们的“死刑宣判”刚开始的时候，霍多尔科夫斯基似乎并没有受到影响。“死刑”最初是由叶夫根尼·马克西莫维奇·普里马科夫来执行的。这位68岁的克格勃老官员在1998年成为俄罗斯的总理。这位意志坚定的老克格勃与寡头之间不存在利益纠葛和私人恩怨——这是以丘拜斯为首的青年改革派试图讨伐寡头们的“土匪资本主义”尝试的失败原因。而且，不同于青年改革派的没有政治力量基础，普里马科夫能够调动起秘密安全机构和政府的全部力量来讨伐他厌恶的寡头。他收集寡头们的犯罪证据，并且解除了鲍里斯·阿布拉莫维奇·别列佐夫斯基的各种政府职务，签发了针对这位寡头教父的逮捕令。但是霍多尔科夫斯基却神奇地保持了同普里马科夫的良好关系。
但在别列佐夫斯基和古辛斯基相继流亡之后，普京并没有忘记自己“把寡头作为一个阶层消灭掉”的宣言。人们普遍认为，在2000年接任叶利钦之后，普京就已经发起了针对寡头们的战争。他对弗里兰说：“那些有钱人不应当控制社会……寡头们不可以、也没有权力影响政府的决策。如果有人不喜欢这样，如果有人已经习惯了无政府主义，那我很抱歉，他们将必须遵守新的规则。”
霍多尔科夫斯基似乎很适应新规则。他努力把自己从强盗资本家转变成俄罗斯资本主义的代言人。2000年不仅仅是普京巩固自己权力的开始，也是霍多尔科夫斯基重新塑造自己形象的开始。“有了钱之后，谁还需要赌场？”霍多尔科夫斯基在接受西方记者采访时说。
霍多尔科夫斯基对他的尤科斯做了两项让他赢得西方好感的改革：改善尤科斯的工作方法；改善了它对投资者的态度。在接管尤科斯之后的几个月内，霍多尔科夫斯基开除了数千名酗酒的工人。在公司治理方面，尤科斯在2000年6月开始按照美国通用会计准则公布财务报表，并且聘请麦肯锡作为公司顾问。在2003年，尤科斯高管中的外籍人员超过了50多人，包括从美国PennzEnergy石油公司挖过来的CFO布鲁斯.米萨摩。霍多尔科夫斯基还是第一个正式公布个人股份和合伙人股份的寡头。在对待投资者上，霍多尔科夫斯基按照年报为股东分红，并且对在梅纳特帕破产过程中受到损失的储户予以补偿。在霍多尔科夫斯基被捕的前5天，尤科斯发布的第二季度纯利润依然达到了9.55亿美元，比上年同期增长了26%。“认为自己能够经营一个世界级的跨国石油企业是需要很大勇气的，而认为自己能够创造一个这样的企业则需要更大的勇气……但是，如果你5岁时就想当厂长，35岁时就成为寡头，这些想法还是有道理的。”弗里兰评价说。
一切随着武装政府人员的大声叫喊“放下武器，否则我们开枪了”戛然而止。2003年10月25日，武装政府人员冲进了霍多尔科夫斯基在诺瓦斯别克机场加油的私人飞机，逮捕了他，然后飞回莫斯科，把这位年轻、富有、英俊、像摇滚明星一样受欢迎的企业家丢进了“臭名昭著、人满为患”(弗里兰的评价)的马托斯卡亚.梯史纳监狱八人一间的牢房中，罪名是“商业诈骗、偷漏税款、谋杀以及侵占国家资产”。根本无须争论这些罪名是否成立，在转轨时期的社会，获得财富的方法可能是一种合法的手段对应着一千种非法的手段。
至于霍多尔科夫斯基被捕背后的分析，一种认为是包括旧克格勃在内的官僚权贵阶层同转轨时期崛起的新的政治力量的斗争。俄罗斯著名社会学家奥尔嘉.克鲁斯诺夫斯卡娅拿出一个数字：在最高权力阶层中，官僚贵族所占的比例从戈尔巴乔夫时期的4.8%增加到普京时期的58.3%。另外一种分析认为这是普京巩固自己政治权力的努力。因为从2003年开始，霍多尔科夫斯基开始表示自己对政治的浓厚兴趣：支助反对党、评论国家事务，甚至包括一个改变俄罗斯政治体系在新体系中担任总理职务的秘密计划。这个计划无法向霍多尔科夫斯基本人求证，但是这个说法却在媒体上流传。
“他告诉我说他还年轻，并且富有，总有一天他们必须释放他，然后他就可以继续战斗。”弗里兰说霍多尔科夫斯基这样对他表示过。而类似的话别的俄罗斯政治家、商人和尤科斯的高管也听到过。
别列佐夫斯基的评价是：“对普京而言，把霍多尔科夫斯基关进监狱是很恐怖的一件事。他还年轻，最终会出狱，这样普京就会多一个带强烈个人恩怨的富豪对手。如果把他关进监狱，普京几乎不得不枪毙他。在俄罗斯，一切就是这么极端。”针对霍多尔科夫斯基的审讯延续至今，他本人和他的下属否认了所有针对尤科斯和自己的指控。
2004年11月1日，法院裁定，延长对霍多尔科夫斯基的拘押时间。霍多尔科夫斯基的律师团就提请上诉。但检察官认为，一旦获释，霍多尔科夫斯基可能会逃往国外或向证人施压。莫斯科市法院12月1日驳回了上诉，下令把他继续关押，直到2005年2月14日开始就欺诈和逃税等罪名正式接受审判。
但是，公司却不能和霍多尔科夫斯基一样倔强：俄罗斯政府称尤科斯公司欠下的税款已高达270亿美元，将出售尤科斯的最大子公司尤甘斯克来抵偿税款，起拍价约为90亿美元。12月15日，尤科斯向美国休斯敦的一家法院提出了破产保护申请，希望法庭能够阻止俄罗斯政府在周日出售尤斯科。12月19日，一家不知名的公司贝加尔湖金融集团出资93.5亿美元，拍得尤科斯的主要生产资产，成为俄罗斯一家最大石油生产企业的正式拥有者，该企业在尤科斯全部石油产量中占60%，没有人了解贝加尔湖金融集团背后的人物或其资金来源。
市值一度高达400亿美元的石油巨头尤科斯目前的市值只剩下了不到20亿美元。这个5岁孩子的梦想在他35岁时实现，在他40岁的时候破灭。
(本文所有资料来源为：《寡头——新俄罗斯的财富与权力》、《世纪大拍卖——俄罗斯转轨的内幕故事》、《环球企业家》杂志文章《寡头幸存者》、《越界者霍多尔科夫斯基》、新华社、中新社等媒体报道以及本报记者采访）