《故事中的故事》是一部黑暗童话类型的电影，由三个故事组成，讲述的是欲望与代价。
第一个故事便是总怀不上孩子的皇后渴望孕育胎儿，国王听信巫师的话前往捕杀海豹，虽成功猎杀，自己却葬身海豹之手，后用处女女仆来烹制海豹的心脏，皇后吃下之后当晚便产下一名身患白血病的男婴，与此同时，那名处女也生下与之一模一样的男婴，长大后，血缘的相互吸引让他们成为朋友，皇后难以忍受自己儿子脱离自己的掌控，想将其分开，却在小山洞中被自己的儿子埃利阿斯所杀。这是母爱的悲剧。
第二个故事描述的是一个荒淫无道的皇帝尽管酒池肉林，奢靡无度，却难以抑制自己内心的空虚与寂寞，一名老妪美妙的歌声吸引了他，但老妪是个年老色衰的女人，在***度一晚之后国王发现其真面目，命令士兵将其扔下城堡，朵拉被一名女巫所救，像初生婴儿般吸吮女巫的乳房之后，朵拉变得美貌动人，又重新赢得了皇帝的宠爱，她的妹妹艾玛心中嫉妒，在被剥皮之后死去，而朵拉也在影片最后失去了魔法，变回了最初的自己。这是爱情、亲情的悲剧。
第三个故事是一个热衷养育跳蚤的国王，在跳蚤死后，以谁能猜出皮为跳蚤皮来为自己的女儿维奥莱特招亲，没有人能猜出那是什么，可一个突然闯入的野人猜了出来，公主被带往崖壁之中的洞穴，野人虽相貌丑陋但对公主温柔以待，维奥莱特难以忍受，在马戏团家庭的帮助下逃了出来，野人也随后赶到将马戏团一家杀死之后，公主假意温柔却以尖刀杀死了野人。浴血归来的公主当上了女王，实现对自己命运的掌控，这也暗示另一轮回的开始，以欲望为初。这是自由的悲剧。
每个故事都荒诞离奇，不能用常理来解释，本以为三个故事各不相关，但影片的最后看似圆满的结局将三个国家、不同故事中的人串联在一起，以一个在宫殿顶上走钢丝的人保持平衡为终，通过这一点可以看出，其实三个故事并非没有联系，它们都在诉说着人性的荒诞与夸张，每个故事的主人公为了满足自己的欲望，总会付出代价，代价与欲望这一微妙的关系，最终都会以失衡结束。