由于白塔寺具有重要的政治意义和历史价值，2001年6月白塔寺遗址被国务院公布为全国重点文物保护单位，2003年被评为省级爱国主义教育基地。经过四年的修复建设，为加强基础设施建设，修建了长2500米、宽50米的景区专用道路，完成了景区绿化、引水、配电等各项基础设施建设，景区累计投入资金3700多万元。白塔寺景区现由白塔寺塔林、白塔寺遗址和白塔寺“凉州会谈”纪念馆三部分组成，占地面积22.3万平方米。
2003年6月白塔寺管理处正式成立， 2004年在白塔寺成功地举行了白塔寺一期工程恢复建设竣工典礼并邀请国内知名的藏学专家召开了“凉州会谈”报告会，成立了甘肃武威藏学研究会。以“凉州会谈”为主要内容的电影《月圆凉州》也在武威成功拍摄，它是我国第一部在联合国总部举行首映式活动的影片，对宣传、提升武威文化产业的发展起到了重要的作用。2009年计划重点完成白塔寺景区大门改建工程、景区水厕建设工程及白塔寺“凉州会谈”纪念馆二楼装修布展及基础设施建设工程。
一九二七年的一场地震严重毁坏了灵骨塔，现残存灵骨塔基高八米、周长五十六米。由于凉州白塔寺极其重要的历史价值，甘肃、青海、西藏、内蒙古等地各族各界普遍要求寺庙修复工程早日开始。国家文物局委托中国建筑技术研究院历史建筑研究所对凉州白塔寺的修复进行了缜密的规划设计。著名建筑学家傅熹年率领专家学者分别考察了西藏萨迦寺和北京白塔寺，搜集了大量历史资料，争取尽可能还原这座有七百多年历史的寺庙。