杨慎存诗约2300首，所写的内容极为广泛。因他居滇30余年，所以“思乡”、“怀归”之诗，所占比重很大。他在被谪滇时，妻子黄娥伴送到江陵话别，所作的《江陵别内》表现别情思绪，深挚凄婉。《宿金沙江》描写往返川滇途中的感慨：“岂意飘零瘴海头，嘉陵回首转悠悠，江声月色那堪说，肠断金沙万里楼。”以今昔行旅思情相对，衬出离愁的痛苦。
他临终前所作《六月十四日病中感怀》诗：“七十余生已白头，明明律例许归休。归休已作巴江叟，重到翻为滇海囚。”叙述自己因病归蜀，途中却被追回的憾恨，深为感人。
他也有一些诗作表现了对人民疾苦的关怀。《海口行》及《后海口行》揭露豪绅地主勾结地方官吏，借疏海口占田肥私。他在诗中指出，“疏浚海口银十万，委官欢喜海夫怨”，并呼吁“安得仁人罢此宴，亿兆歌舞如更生”。他在《观刈稻纪谚》中托老农之语，说“乐土宁无咏，丰年亦有歌。惟愁军饷急，松茂正干戈”。表现了农民遇丰年，却因军饷赋敛沉重而仍然不得温饱的贫苦生活。其他如《宝井篇》、《滇池涸》等，也是此类作品。
杨慎的写景诗也不少。他叙写云南风光，描绘祖国山河，颇有特色。《海风行》写了下关的风：“苍山峡束沧江口，天梁中断晴雷吼。中有不断之长风，冲破动林沙石走。咫尺颠崖迥不分，征马长嘶客低首。”气势雄伟，有雷霆万钧之力。而《龙关歌》：“双洱烟波似五津，渔灯点点水粼粼。月中对影遥传酒，树里闻歌不见人。”写洱海夜色，渔舟灯火，月映水波，细腻清新。当他来到有川南胜景之称的西昌泸山，看到这里的美景与火把节的盛况后，在此吟出了名句《夜宿泸山》：“老夫今夜宿泸山，惊破天门夜未关。谁把太空敲粉碎，满天星斗落人间”。此外，杨慎又有描述、歌颂历史英雄、忠臣义士以至耕夫樵叟的诗，其中也不乏佳作。
杨慎在前七子倡导“文必秦汉、诗必盛唐”、复古风气较为流行的时候，能别张垒壁。他广泛吸收六朝、初唐诗歌的一些长处，形成他“浓丽婉至”的诗歌风格。如《滇海曲》12首、三峡《竹枝词》9首，描绘山川风情，颇得乐府遗韵。他的《垂柳篇》，深具初唐风范。《于役江乡归经板桥》：“千里长征不惮遥，解鞍明日问归桡，真如谢姚宣城路，南浦新林过板桥。”抒发行役倦苦的情怀，情致绵细，别出新境。杨慎又广为采揽“桑间濮上”的民歌的长处，以丰富自己诗作。如《送余学官归罗江》，全用绵州民歌，后缀四句送行语，构思新颖，别致清新。
杨慎对文、词、赋、散曲、杂剧、弹词，都有涉猎。他的词和散曲，写得清新绮丽。如（浪淘沙）“春梦似杨花”一首，描写细润，言辞华美流畅。散曲（驻马听）《和王舜卿舟行之咏》，写月下舟行幽景，江天一色，月光如水，并畅想驶入长空银河，意境优美，记叙细微。他的长篇弹唱叙史之作《二十一史弹词》，叙三代至元及明季历史，文笔畅达、语词流利，广为传诵。他的散文古朴高逸，笔力奔放。《汉杂事秘辛》事皆淫艳而言辞端雅，不见鄙秽。他早年的疏奏《丁丑封事》，规劝正德皇帝“偏听生奸，独任成乱”，以“古之圣人必谋于众”相谏诫，情挚意切，时婉时激。他的《新都县八阵图记》、《碧峣精舍记》等也是记叙散文的佳品。另外他还著有《宴清都洞天玄记》、《太和记》、《割肉遗细君》等杂剧。
《谭苑醍醐》八卷亦皆考证之语，与《丹铅录》大致相出入，而亦颇有异同。引《水经注》载诸葛亮表云：“臣遣虎步监孟琰据武功水东，司马懿因渭水涨，攻琰营，臣作桥越水射之。桥成，遂驰去”。此事《三国志·诸葛亮传》不载，可补史阙。
杨慎在文学上既讲求文法，主张诗文用字要有来历，又反对极端的复古主义；反对诗史说；偏爱李白，亦好杜甫，对李白的身世进行了有价值的探讨。又辨李白为蜀之彰明人，历引其《上裴长史书》与《悲清秋赋》及诸诗句，以证《唐书》称白为陇西人及唐宗室之非，如此之类，考订辨论，亦多获新解。 揭示理学和心学都存在着“重虚谈”、“多议论”、“学而无实”、“学而无用”的弊端。
杨慎说：骛于高远，则有躐等凭虚之忧；专于考索，则有遗本溺心之患。故曰：“君子以尊德性而道问学”。故高远之弊，其究也，以六经为注脚，以空索为一贯，谓形器法度皆刍狗之余，视听言动非性命之理，所谓其高过于大，学而无实，世之禅学以之。考索之弊，其究也，涉猎记诵以杂博相高，割裂装缀以华靡相胜，如华藻之绘明星，伎儿之舞呀鼓，所倡其功倍于（而效）小，学而无用，世以俗学以之。
“尊德性而道问学”，本为《中庸》所谓，但宋儒中，朱熹主张以究理问学为主，提倡研读经传，一依圣贤遗教去做，有偏重于“道问学”的倾向，陆九渊讥评其支离破碎；陆九渊主张学者从经典中解脱出来，求诸本心，认为“学苛知本，‘六经’皆我注脚”，有“尊德性”的倾向，朱熹斥责其尽废讲学。自南宋朱、陆相争以来，两家之学渐成水火之势，“宗朱者诋陆为狂禅，宗陆者以朱为俗学，两家之学各成门户，几如冰炭矣”。这对儒学发展影响甚大，诚如程敏政所说：“朱、陆之辨，学者持之至今。…其流至于尊德性、道问学为两途，或沦于空虚、或溺于训诂，卒无以得真是之归。此道所以不明不行。”
杨慎在这里则对朱、陆都进行了批评，指出陆学之弊在于“以空索为一贯”，趋简凭虚而入于禅，“学而无实”；朱学之弊在于“以杂博相高”，遗本溺心而流于俗，“学而无用”。在他看来，“经学之拘晦，实自朱始”，“新学（此指象山心学）削经铲史，驱儒归禅”，两者对学术风气和儒学的发展都产生了不良影响。这样，杨慎便全面否定了宋儒所倡通学。
对于当世流行的“道学”（即理学）和“心学”，杨慎亦持全面否定态度。他说：“道学、心学，理一名殊。明明白白，平平正正，中庸而已矣。更无高远亢（言）妙之说，至易而行难，内外一者也。被之所行，颠倒错乱，于人伦事理大戾。顾巾衣诡服，阔论高谈，饰虚文美观而曰：吾道民、吾心学，使人领会于渺茫恍惚之间而不可琢磨，以求所谓禅悟。此其贼道丧心已甚，乃欺人之行、乱民之俦，圣王之所必诛而不以赦者也，何道学、心学之有？”他认为儒学本是“明明白白，平平正正”，“内外一者也”，但承袭宋儒之学风而流行于明世的所谓“道学”、“心学”，尽管名称不一，形式有异，而其实都是只知“阔论高谈”、“虚饰文词”，只说不行，“教人领会于渺茫恍惚之间而不可着摸”的空洞无用之物。其恶果，一是欺世，二是乱民，故皆为“圣王之所必诛而不以赦者也”。如此之“道学”、“心学”，根本背离了儒学的基本精神。
指出心学“削经铲史，逃儒归禅”，又点示理学同禅学也实有千丝万缕的联系。
如其指出朱熹《中庸章句》所引程颐“活泼泼地”之类的话就是以佛家语录入章句，他说余尝评之曰：《说文》之解字，《尔雅》之训诂，上以解经、下以修辞，岂不正大简易。……至宋时，僧徒陋劣，乃作语录；儒者亦学僧家作语录……欲求易欲，反为难知；本欲明经，适以晦道矣！甚者因陋就简，以打乖筋斗入诗章，以闭眼合眉入文字，曰：我所述程朱之说，道理之谈，辞达意而已，不求工也。噫，左矣！这里所说的“以打乖筋斗入诗章，以闭眼合眉入文字”是陈献章（白沙心学）所为。可见，在杨慎看来，“学禅家”而导致儒学之“理”难知，圣道几晦，实是程朱理学和陆王心学的通病。
此外，杨慎认为，庄子所谓“六合之外，圣人存而不论”乃切要之言，丘长春所谓“世间之事尚不能究，况天下之事乎”乃正论。而邵雍、朱熹论天则是强不知为知，实为“妄说”。他说：“古论天文者，宣夜周髀浑天之书，甘石洛下闳之流，皆未尝言。非不言也，实所不知也。若邵子、朱子之言，人所不言，亦不必言也；人所不知，亦不必知也。……吾人固不出天地之外，何以知天之真面目欤？且圣贤之‘切问近思’，亦向必求知天下之事耶？”他还对宋儒鬼神之论予以批判，指出朱熹对《中庸》所谓“鬼神为德”之解有悖儒家作书之旨，曰：“宋儒解‘鬼神’二字，支离太甚，既以‘二气’言，又以‘造化’言；……既曰‘人物’，又曰‘造化之迹’。则有形有声，视之可见，听之可闻矣，岂不与《中庸》背驰矣？且《中庸》一书，本是平常之理，而引之高深虚地文字，又岂子思作书之旨乎？……故朱子引程、张‘二气’、‘良能’、‘造化之迹’诸说，移以解《易》之‘鬼神’则可，解《中庸》之‘鬼神’则不可。”所以，杨慎讥笑宋儒“杂博”、“支离”、“割裂”，如同“伎儿之舞迓鼓”，既“无古人之学，而效古人之言，如村人学官衙鼓节也”。如此，不流入禅，借助于佛家之言以装饰门面，又怎么可能呢？
对明代中后叶风靡一时的阳明心学有所批判。
杨慎借云南副使陈梦祥《六经》“一字一义皆圣贤实理之所寓，实心之所发”的话，职责陈献章“六经皆虚”论实“非圣人之蕴”，乃“佛者幻妄之意”。他说：“儒教实，以其实天下之虚；禅教虚，以其虚天下之实。陈白沙诗曰：‘六经缘在虚无里’，是欲率古今天下而入禅教也，岂儒家之学哉！”杨慎更怒斥王阳明为“霸儒”、“儒枭”，批评其以儒为表、以佛为里，证性见心、“驱儒归禅”，背叛了儒家的经义，说：“迩者霸儒创为新学，削经划史，驱儒归禅，缘其作俑，急于鸣俦， 俾其易人，而一时奔名走誉者，……靡然从之。”他又寓庄于谐地对人们何以会对阳明心学“靡然从之”作了分析，引其友之语道： 余友蒋兆晕芝善戏语而有妙理，尝论讲学之异曰：“宋儒‘格物致知’之说，久厌听闻，‘良知’及‘知行合一’之说一出，新人耳目。如时鱼鲜笋，肥美爽口，盘肴陈前，味如嚼冰，蚁而厌饫，依旧是鹅鸭菜疏上也。又如真旦看厌，却爱装旦；此北《西厢》听厌，乃唱南《西厢》。观听既久，依旧是真旦、北《西厢》出也。公多与辩，但徐徐俟之。”
擒贼先擒王，对集理学之大成的朱熹批判最多最烈。
杨慎不仅从学术、思想的诸多方面批评朱熹，如在《陈同甫与朱子书》中讥朱熹自立门户，在《文公著书》中责朱熹“违公是远情”，在《俗儒泥世》里中斥朱熹“迂”，在《大招》、《禹碑》、《大颠书》中批评朱熹文学艺术上的失误，在《圣贤之君六七作》中指出朱熹史学上的纰漏。如何等等，难以详述，而且，他更一针见血地揭示道：朱熹之学“失之专”，“失之专者，一骋意（己）见，扫灭前贤”，用其自己的理学思想来诠释儒家经典，否定汉唐诸儒经说，以确立其自己的思想权威，而后儒不察，‘失之陋’，‘失之陋者，惟从宋人，不知有汉唐前说也’，只能仰朱熹之鼻息了：“高者谈性命，祖宋人语录；卑者习举业，抄宋人之策论”。这必然要导致“经学之拘晦”。
在《云南乡试录序》中更揭示阳明集心学之大成，鼓倡“心即理”、“致良知”、“知行合一”诸说造成了明代中后叶知识界的空疏浅陋，谓：“今士习何如哉！其高者凌虚厉空，师心去迹，厌观理之烦，贪居敬之约，渐近清谈，遂流禅学矣。卑焉者则掇拾丛残，诵贯酒魂，陈陈相因，辞不辨心，纷纷竞录，问则口，此何异叟诵诗、阍寺传令乎？究高者既如此，卑论者又如此，视汉唐诸儒且恧焉，况三代之英乎！” 杨慎一生刻苦学习，勤于著述，是有明一代著名的博学家。他不仅对经、史、诗、文、词曲、音韵、金石、书画无所不通，而且对天文、地理、生物、医学等也有很深的造诣。如他任翰林时，明武宗朱厚照问钦天监及众翰林：“星有注张，又作汪张，是何星也？”众张口结舌，无以对答，独杨慎从容对曰：“柳星也”，并历举《周礼》、《史记》、《汉书》等文献资料加以说明。他预修《武宗实录》，事必直书，不为尊者讳。他在长期流放中，仍然“好学穷理，老而弥笃”（《明史·杨慎传》）。在云南永昌边塞荒凉地区，尽管图书资料奇缺，升庵仍嗜书成癖，“书无所不览”，经常对人说：“资性不足恃，日新德业，当自学问中来。”（《明史·何孟春传》）他认为要“知天下”，一是依靠“躬阅”，从亲身经历中获得知识；二是依靠“载籍”，从别的记载和书籍中取得。因此，他不仅刻苦读书，手不释卷；而且每到一处，就对当地风俗民情进行调查了解，努力学习当地民族语言，从亲身经历与实践中丰富自己的知识。他以被逐罪臣的身份，仅凭自己苦学、实践、记忆，在滇南时就写出了不少笔记、选本以及许多注释性书籍。如《南诏野史》、《云南通志》、《云南山川志》、《慎候记》、《南中志》、《滇载记》、《记古滇说》等书。据《升庵杨慎年谱》的记载，杨慎平生著作有四百余种。所以，《升庵外集》序称：“国初迄于嘉隆，文人学士著述之富，毋逾升庵先生者。”《明史》本传曰：“明世记诵之博，著作之富，推慎第一。”著述多至100余种，李调元刊《函海》时，曾作专辑收录所著之书。散曲有《陶情乐府》。后人辑其重要著作编为《升庵集》，散曲有《陶情乐府》 。
小学：《古音》七书、《丹铅》诸录、《六书博证》等。
经学：《升庵经说》、《易解》、《檀弓丛训》等。
文学：《升庵诗话》、《艺林伐山》、《绝句衍义》、《画品》、《全蜀艺文志》等。
史地：《云南山川志》、《南诏野史》等。
诗词：《升庵诗集》、《升庵长短句》、《陶情乐府》等。
编纂：《古今风谣》、《古今谚》、《丽情集》等。 体裁作品名称 诗《临江仙》《送余学官归罗江》《出郊》《竹枝词》《于役江乡归经板桥》《夏水谣》《三岔驿》《六月十四日病中感怀》《无题》《柳》《宿金沙江》《病中秋怀八首选一》弹词《二十一史弹词》 杨慎喜藏书，时司礼监大藏经厂，贮列朝书籍甚富，他多次至阁中翻览书籍。据传曾攫取数册《永乐大典》据为己有。其后主事李继先奏命查对时，戏以窃书之名。
家有“双桂堂”，为读书、贮书之所。曾编撰有《杨氏书目》，明末藏书家王道明在其《笠泽堂书目》中有记载。清初姜绍书记明一代藏书家，将他与杨士奇、吴宽、茅坤、宋濂等并列。