梅花山自然保护区位于福建省西南部上杭县、连城县和新罗区交界处，为武夷山脉南段与博平岭之间的玳瑁山脉的一部分，介于北纬25º15′14″～-25º35′44″和东经116º45′25″～116º57′33″之间。保护区北起连城县曲溪乡的罗胜，南至上杭县古田镇的吴地，东始新罗区万安乡的张陈，西抵连城县庙前镇的岩背，东西宽约20km，南北长近19km，总面积22168．5nm2，其中核心区面积7041．7hm2，缓冲区面积2443．1hm2，实验区面积12683．7hm2。
1988年被中国国务院批准为国家级自然保护区，1992年被列入世界A级自然保护区，1993年加入国家人与生物圈保护网络，1994年列入中国优先保护的生态系统名录和森林生态系统优先保护名录，属森林生态系统类型，主要保护对象为森林植被和生物资源。
梅花山自然保护区地处中亚热带的南缘，为中亚热带与南亚热带的过渡地带，年平均温度13～18℃，10℃以上的积温为4500-5200℃，年日照时数1920h，无霜期290d，年降水量1700-2000mm，年蒸发量600-700mm，雨量充沛，相对湿度70%-90%，霜期75d。保护区内土壤具有明显的垂直地带性，从山麓到山顶依次为红壤、黄红壤和黄壤，自然植被以常绿针阔混交林、常绿针阔混交毛竹林为主，保护区内山峦叠翠、溪涧纵横，形成以最高峰石门山和黄胜将军山为中心，呈放射状流向四周的水系分布，是福建省汀江、九龙江、闽江等三大江上游的主要发源地。