阿来代表作有《尘埃落定》《空山》《格萨尔王》和《蘑菇圈》 。
《尘埃落定》
在上个世纪四十年代的四川阿坝地区，当地的藏族人民被十八家土族统治着，麦琪土司便是其中之一。
老麦琪土司有两个儿子，大少爷为藏族太太所生，英武彪捍、聪明勇敢，被视为当然的土司继承人；二少爷为被土司抢来的汉族太太酒后所生，天生愚钝、憨痴冥鲁，很早就被排除在权力继承之外，成天混迹于丫环娃子的队伍之中，耳闻目睹着奴隶们的悲欢离合。
麦琪土司在国民政府黄特派员的指点下在其领地上遍种罂粟，贩卖鸦片。很快暴富，并迅速组建了一支实力强大的武装力量，成为土司中的霸主。
眼见麦琪家因鸦片致富，其余的土司用尽心计，各施手段盗得了罂粟种子广泛播种，麦琪家的傻少爷却鬼使神差地建议改种麦子，于是在高原地区漫山遍野罂粟花的海洋里，麦琪家的青青麦苗倔强的生长着。
是年内地大旱，粮食颗粒无收，而鸦片供过于求，价格大跌，无人问津，阿坝地区笼罩在饥荒和死亡阴影下。大批饥民投奔到麦琪麾下，使得麦琪家族的领地和人口达到空前的规模。傻子少爷也由此得到了女土司茸贡的漂亮女儿塔娜，并深深地爱上了她。就在各路土司日坐愁城，身临绝境之时，却传来二少爷开仓卖粮，公平交易的喜讯。
各路土司云集在二少爷的官寨举杯相庆、铸剑为犁。很快在二少爷的官寨旁边出现了几顶帐篷，进而是一片帐篷，酒肆客栈、商店铺门、歌榭勾栏、甚至妓馆春楼，应有尽有。在黄师爷(当年的黄特派员)的建议下，二少爷逐步建立了税收体制，开办了钱庄，在古老封闭的阿坝地区第一次出现一个具有现代意义的商业集镇雏型。
二少爷回到麦琪土司官寨，受到英雄般的欢呼，但在欢迎的盛会上，却有大少爷那令人不寒而栗的阴毒的眼光。一场家庭内部关于继承权的腥风血雨又悄然拉开了帷幕。
终于，在解放军进剿国民党残部的隆隆炮声中，二少爷也知道土司的日子不会长久。这时原来被二少爷杀死的一个下属的儿子在寨子里出现，二少爷知道自己的日子也不久了……
《空山》
《尘埃落定》十年后，阿来新长篇小说问世。十年磨一剑，这一剑真的是一把宝剑。
阿来《空山》与《尘埃落定》可谓艺术思想上的双峰，小说的结构艺术格局是阿来在艺术上新的探索，它呈现出与《尘埃落定》完全不同的风貌。
《尘埃落定》是历史的挽歌式的抒写，《空山》是现实的，续写“新生”，《尘埃落定》的土司制度被推翻后，在新制度下，又是怎样的景观。
如果说《尘埃落定》是封闭的结构，完整的故事，《空山———机村传奇之一》则由于表现“一个村庄秘史”的重大主题，而采用***同的文化，***同的背景，不同的人和事构成一幅立体式的当代藏区乡村图景。即所谓“花瓣”式的结构方式。阿来在“表现一个村庄秘史”的现实态度极为明确，它不是单一民族的，也不是牧歌式的，传奇的、作家对藏族村庄有着极为深厚的文化、宗教，自然和社会的体验，说它是“秘史”，并非披露其神秘，而是用特别的手法将被人漠视麻木的伤痛揭示出来。唯其如此，才形成了小说宏大的格局。重大而庄严的主题，厚重而深刻的内容，随心而掌控的结构，对于人与自然，政治与文化、宗教社会和谐与进步，有着更为深刻的思考。
《格萨尔王》
作品简介阿来创作《格萨尔王》的消息哄传已久，早就被目为09年最令人期待的小说。
9月4日，出版方重庆出版集团为该书在北京举办盛大的全球首发式，中文版首印20万册已经在各地上市。
阿来介绍，《格萨尔王》成书约30万字，历时三年完成。阿来精心设计了两条并进的叙事线索：一条以千百年来在藏人中口口相传的史诗《格萨尔王传》为底本，侧重讲述格萨尔王一生降妖除魔、开疆拓土的丰功伟业。《格萨尔王传》是全世界最为浩大的活的史诗，光现在整理出版的就有七十多部，百万以上的诗行，人物众多，故事浩繁，阿来精选了最主要的人物和事件，在细节上精雕细琢，着力以现代人的视角诠释英雄的性格和命运，赋予神话以新的涵义和价值。另一条线索则围绕一个当代的藏族格萨尔说唱艺人晋美的成长经历展开。阿来将他所接触到的众多格萨尔说唱艺人的经历、性格和情感，浓缩到了小说中晋美这个角色身上。牧羊人晋美偶然得到神授的说唱本领，从此四处流浪游历，以讲述格萨尔王的故事为生，逐渐成长为一个知名的仲肯。他在梦中与格萨尔王相会，与格萨尔王莫逆于心，当格萨尔王对无休止的征战感到厌倦时，晋美也醒悟到故事应该结束了。在说唱故事终章的一刻，他也结束了自己的仲肯身份。
小说带有强烈的寓言色彩，宏大叙事和细致的心理刻画水乳交融，既富有鲜明的民族性格，也体现了时代精神和普世价值，有评论家誉之为难得一见的传世之作。
《草木的理想国：成都物候记》
阿来说，城市里的花草，跟城市的历史有关。它们是把自然界事物和城市连接起来的媒介，
同时也把我们带到一个美的、文化意味悠长深厚的世界。写海棠时他想到贾岛在四川的乡下做小官，看到西府海棠林时写下“昔闻游客话芳菲，濯锦江头几万枝。纵使许昌持健笔，可怜终古愧幽姿”。宋代陆游写梅花，“当年走马锦城西，曾为梅花醉似泥”。当时的“锦城西”如今在成都的二环内，已不会有“二十里中香不断”，除了青羊宫和杜甫草堂外，没有什么建筑留下来了。寻找一个城市的记忆，不一定到博物馆或者找一两件文物、线装书，把植物的历史挖掘出来，就是一种文化。
《瞻 对》
从雍正八年（1730年）开始，到光绪二十九年（1903年），清朝政府六次发兵征讨一个只有县级建制的弹丸之地；民国年间，此地的归属权在川藏双方相互争夺、谈谈打打、打打谈谈中摇摆不定；直至1950年，解放军未经战斗将此地解放……
瞻对地处康巴，康巴人以强悍闻名，而瞻对在康巴人中更以强悍著称。当地人也以此自豪：瞻对就是一块铁疙瘩！
本书以瞻对200余年的历史为载体，将一个民风强悍、号称铁疙瘩的部落“融化史”钩沉出来，讲述了一段独特而神秘的藏地传奇。同时也展现了汉藏交汇之地的藏民独特的生存境况，并借此传达了作者对川属藏族文化的现代反思。
阿来的长篇非虚构作品《瞻对—两百年康巴传奇》，参评第六届鲁迅文学奖报告文学奖，中国作协官网公布细节显示是0票。
《语自在》
《语自在》是阿来的一本生活哲思散文。
2015年7月由重庆出版社出版。