主要区别有，指代不同、侧重表达不同、出处不同，具体如下：
一、指代不同
1、惟妙惟肖
形容描写或模仿得非常逼真。
2、栩栩如生
形容画作、雕塑中的艺术形象等生动逼真。
二、侧重表达不同
1、惟妙惟肖
肖：相似。形容描写或模仿得非常逼真，生动形象（不能指动物）。
2、栩栩如生
栩栩：活泼生动的样子。生：活的。形容画作、雕塑中的艺术形象等生动逼真，就像活的一样。
三、出处不同
1、惟妙惟肖
出自蒲松龄的《聊斋志异·各本序跋题辞〈读聊斋杂说〉》：
“形容惟妙惟肖，仿佛《水经注》造语。”
白话文：
“惟妙惟肖逼真形象，仿佛《水经注》诗句。”
2、栩栩如生
出自《庄子·齐物论》：
“昔者庄周梦为蝴蝶，栩栩然蝴蝶也，自喻适志与！不知周也。俄然觉，则茫茫然周也。”
白话文：
“过去庄周梦见自己变成一只美丽的蝴蝶，比真的蝴蝶还美，活灵活现，在空中翩翩起舞。他自觉得非常快活得意，简直忘记了世界还有庄周这么一个人。”
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