1、本文的线索：
明线：作者记述与藤野先生的交往（相识、相处、离别的过程已及对藤野的怀念）。
暗线：作者的爱国主义的感情。
本文以作者与藤野先生的交往为明线，写了到仙台见到藤野先生的缘由、与藤野先生的相识、相处、别离，最后写离开仙台后的怀念。暗线是作者思想感情的变化。
2、《藤野先生》是一篇回忆性散文。
作者以“我”与藤野先生的交往为叙事的线索，围绕表现藤野先生的崇高品质这一中心。开头写东京印象，这是作者前往仙台的缘由；接着用设问句自然过渡，然后写初到仙台受优待，以及与藤野先生的相识、相处、离别；最后写离开仙台后对藤野先生的怀念。从回忆藤野先生这条明线开始延伸。
作者主要记述了“我”与藤野先生交往过程中的四件事，分别为添改讲义、纠正解剖图、关心解剖实习、了解中国女人的裹脚，突出了藤野先生对工作极端负责，对作者严格要求、热情诚恳，对学术充满了浓厚的兴趣、求实严谨的形象特点，让人记忆深刻。
本文还有一条暗线——“我”的爱国主义的情感。如清国留学生赏樱花、学跳舞，赴仙台途中对日暮里和水户的深刻印象，日本“爱国青年”的寻衅和看电影事件，“我”放弃医学等等都围绕这条内在的线索。作者决心以笔做刀枪，与反动势力斗争到底，为中国的光明继续奋斗。
3、综合以上主要的几点，归纳本文主题：
全文通过明线、暗线的因果关系。表现了藤野先生在日本举国上下都鄙视中国人的风气下对中国人的热情友好和尊重；抒发自己强烈的爱国主义精神。这两者相辅相成，相得益彰。