在下的回答是把本题中的『文学作品』粗略理解为以小说为首，加之戏剧，诗歌，散文等多种体裁的结合。因而下面的论述也以小说为讨论主题。
文学作品是对现实的提炼与总结，从纪实文学的完全记录，到普通小说的演绎，到幻想型小说的天马行空，无论是怎样的故事，怎样的世界，怎样的设定，都是作者的人生体验与观察与思考的总结。
说穿了，文学作品就是记叙『人』的。人的故事，人的状态，人的精神，人的观念。而人们对一部文学作品的判断，就是看这作品中角色所经历的事和角色的言行举止，气质细节，还有身上的那种『味儿』。许多个角色的故事，他们的『味儿』放在一起，就构成了整部作品的『味儿』。
先从故事说起，判断一部作品的『真实』往往是说作品中的人物所经历的事情是否是那个社会环境下会碰上的。它要具有真实世界的影子，具有一定的普适性。这种普适性不一定是事件的普适性，还可能是个中人物的言行思考，角色的遭遇的普适性，能够让读者觉得『是啊，就是这样啊。』。不仅仅是事件的合理，还要能够让读者对角色的遭遇感同身受。『真实』既可能是剧情发生的可能性高，还原性高，刻画程度高，也可能是角色的言行，思考，遭遇就是现实现状的反映。
作者在作品中要展现自己对社会的概括，对世界的概括，对人性的挖掘，对人的挖掘。作者要对社会对人有着足够的思考，并能将其融入作品中，他要能得出读者得不出的结论，能看见读者看不见的现在与未来。这些要深刻体现在人物身上，就是对人性的美丑的挖掘，一个人能好到什么程度，能坏到什么程度，这都要反映到角色的一言一行以及所经所历上。思考充分之后，则是对社会的挖掘。将人放到社会中，他灵魂深处的美丑才能被一点点暴露出来。社会是怎么塑造一个人的，又是怎么毁掉一个人的，社会是逼好人死，还是逼坏人死。真善美在社会里是什么回报，假恶丑在社会里又是怎样的结局。将这些全部概括出来了，还原了，能使读者感同身受了，即是足够『真实』了。
当然，这样的真实不一定是要对现实社会的还原，作者大可重新构筑一个世界，在将现实社会中的美丑融入其中，也能起到真实的效果。但这样的作品不一定会被评价为『真实』。
『真实』，一定程度上就是还原的逼真。
至于『深刻』，一定意义上说，是对『真实』的还原程度。你可以还原的很逼真，但你只写了表象，只记录事实，那不深刻。深刻就是要能告诉读者故事为什么会变成这样，是人，还是社会，还是世界。是人，那是因为什么，是因为人性的哪一个部分？是社会，那是因为社会的什么，是风气，结构，秩序，还是其他？作者要在作品中做出回答，不留痕迹，可以借角色之口，可以埋蛛丝马迹。总的来说就是要让读者感知到，触摸得到，不一定一把就能抓到，但要实实在在存在在那。
『深刻』无外乎作者能回答『人性的丑』『人性的美』『人是怎样的人』『社会的善』『社会的恶』『社会是怎样的社会』这些看似玄乎但又很重要的问题。
至于题主说的现在人们认为深刻的作品往往都着力与丑恶。个人认为是因为文学创作本身就是带有一定的批判性的，丑恶是对社会，对社会中的人，对时代的鞭挞。同时，也传达着对光明的呼唤。正因为我们目睹了人和社会有多么丑恶，所以我们才会努力消灭这些丑恶，或不让自己成为这样的人。
因为文学的一大意义便是警醒世人。
而描写真善被批判，笔者就没见过多少。若真有被批判，一定意义上则涵盖着上文提到的文学应负有的警醒的作用。要注意到，即使是文学史上著名的美丽的歌颂，都是建立在击败恶而迎来的结局上的。也就是说，要有恶，善才能更具有光辉。一部作品只写美丽与善，那是美好的想望，是童话，自然得不到社会的认可，自然难以成为名作，自然不会真实与深刻。
因为纯粹的美好是不存在的。美好是人们见识到恶之后才发觉的。
一般来说，『真实』和『深刻』是相伴相生的，至少是会被人并行同时评价的。
至于关于莫言的作品，诺贝尔奖上百年来的权威不是唬人的。莫言能得奖是他在数十年来文学创作成就足够让他摘得桂冠。但至于莫言作品中的个人感受，这种事情见仁见智，笔者不认为能得出个定论，也不敢随意定论。
笔者认为，莫言是天才，他的模式和手法是别人模仿不来的，诺贝尔奖委员会颁奖时甚至不使用一般常用的马尔克思『魔幻现实主义』这一流派，而是『幻觉现实主义』这一流派，并直言『这是莫言的流派』。
莫言的作品前期还显得中规中矩，『生死疲劳』『丰乳肥臀』『红高粱』都在一般范围内，也显得很精彩。但到了『酒国』『蛙』就有些类似『疯言疯语』了。他的后期作品很难理解，跳跃性很大，再加上个中暗示隐喻，细谈起来会引起不少分歧与争论。
必须承认的是，莫言的写作水平并非在他的文字功底上面。就笔者和友人的讨论，都认为莫言的文字显得有些浮，写在纸上，落地没有很重的力量。即使单独从他的作品中拆一章出来，也能感觉到在结构上的不稳定。莫言的创作是用很长的时间慢慢积累，积累够了。好。于是就收拾行李回到高密，窝个一俩月，就写好了。莫言的《生死疲劳》是他最高的写作记录，据他的演讲所述，他写完《生死疲劳》前后仅用了43天，排版成书后，55万字。个中争论暂且不提，由此实际上可以看出莫言的创作是偏向整体与随性的。也正因此，莫言的书可以读的很快，它作为一个整体是精彩的。但是细究起来，莫言实际上也有不足，而且也较为明显。
个人认为，莫言作品中那些看似荒唐怪诞的景象，除却是他习惯采用民间各类传说民俗之外，是一种对当时社会荒唐的反映。说其深刻，如笔者前文所述大约是其对人性的刻画，在当时乱象中被逼迫出来的本能。说其真实，大抵是那时的“荒唐”。
笔者只读过莫言的《生死疲劳》和若干中短篇，草草翻过他的其他长篇作品。上文观点是笔者与友人观点的总述。未深加研究可能有失偏颇，就当个参考罢。