冯桂芬自幼善于写骈文，未作官时，已经名重江南。他平生好读书，从未荒废学业。中年后，他致力于古文辞。学习各种经说，师宗汉代儒家，也以宋代儒家为老师。除经史外，冯桂芬对其他书也无所不窥，凡天文、舆地、兵刑、盐铁、河漕等，全都细心研究，穷思极虑，探求本原，大有拨乱反正的志向。
冯桂芬的文学主张，要求突破桐城派的樊篱。主张“称心而言”。他在《复庄卫生书》中声言“不信义法之说”，并针对桐城派所标榜的孔、孟、程、朱的“道统”，指出文虽载道，“道非必天命、率性之谓，举凡典章制度、名物象数，无一非道之所寄，即无不可著之于文”。又针对桐城派标榜的韩、柳、欧、苏的文统，指出“长于经济者，论事之文必佳，宣公奏议，未必不胜韩、柳；长于考据者，论古之文必佳，贵与《考》序，未必不胜欧、苏”。明确要求“称心而言”，扩大散文的思想内容，解放散文的语言形式。他认为桐城义法是束缚散文创作之例，反对“周规折矩，尺步绳趋”。因此，在他的《校庐抗议》中对“于经国大计，指陈剀切”，“凡所陈敷，皆所以救当世之急，在百年前不失为有识之言。”他的文章“长于持论，而拙于叙事”。体现了鸦片战争前后要求打破桐城枷锁的进步潮流。
冯桂芬文，长于持论，不为浮词，以政论文成就最高，往往心细虑周，指陈剀切，气理畅达。有《校邠庐抗议》40篇，最为突出，曾被俞樾比作仲长统的《昌言》。如《制洋器议》开头说：“有天地开辟以来未有之奇愤，凡有心知血气，莫不冠发上指者，则今日之以广运万里地球中第一大国而受制于小夷也。”但其子所编的《显志堂集》，则将《采西学议》、《制洋器议》等最有代表性的18篇略去，仅收22篇。 冯桂芬做学问讲求以有用为主，做文章主张没有空话。他论述改革政治的道理，确实能够阐明古代先人统治的哲理精神，而针砭末流的过失。他曾经写过四十篇评议，按他自己的说法：“读书十年，涉历艰难情伪三十年，间有私议，不能无参以杂家，佐以私臆，甚至羼以夷说、而要以不叛三代圣人之法为宗旨。”就是说博采众长而不离代圣人进言的宗旨。