金树仁，光绪十八年（1892年），以十二岁幼龄考中秀才，时人目之为神童 。
光绪二十二年（1896年），清政府任云南蒙自人杨增新为河州知州。上任伊始，整顿吏治，兴利除弊；修办书院，培养人才。先后复兴创办凤林、龙泉、爱莲等书院，“聚士之秀而文者于三书院，月课而旬考之，于是士知响学，人文蔚起”。并拔其“邑人士之翘楚者数辈，招入署斋，躬自课之，均有成就……”金树仁备受杨增新器重，亲自教读，学业猛进。
光绪二十七年（1901年），杨增新调任甘肃学政兼高等学堂监督，金树仁便负笈省城，从杨公游，留心经世之学。旋入甘肃文高等学堂，尽师硕儒，尽友群雅，由是见闻骤广，记览骤博。毕业后，又进法政学堂钻研数年，遍览经史，精研西学。卒业后，先后任龙泉书院、凤林书院校长。
宣统元年（1909年）参加科考，举为孝廉方正，同年又应己酉科试，考取拔贡。
1911年辛亥革命后，全国议会选举，金树仁高票当选议会议员、众议院议员，时论荣之。诗人马恕吟出“久仰仁山最特奇，而今晤对更相宜”，“器度推君最是贤”的诗句，誉其怀抱高远，气度不凡。
杨增新主政新疆之后，急需人才，金树仁便应杨之召，于1915年西出阳关，投其麾下，任书记官兼科员。未几，政治研究所招考，金树仁名列第一。翌年六月，又参加新疆全省县长考试，以甲等成绩分发任阿克苏县长。其后或疏附、或迪化、或库车，皆在基层历练，凡十余年。
1926年，因政绩显著，升任省公署政务厅厅长。 民国8年（1919年），俄国革命，沙俄中亚细亚总司令阿年科夫，因溃败窜入新疆，以此为基地，图谋反攻苏俄。在新俄人纷纷聚其麾下。阿山道尹周务学被逼自杀。边局吃紧，省垣告危，一时众皆束手。金树仁沉着应对，计诱阿年科夫于省城拘押，将其军队分化瓦解，将一场危机消弭于无形，深得杨增新赏识。
1928年，新疆发生“七七事变”，军务厅长兼外交署长樊耀南刺杀省长杨增新于宴会。事变乍起，金树仁闻变不惊，临危不惧，一边命其部属把守要隘，固守城防；一边集结部队包围现场，樊耀南弹尽被捕。次日，樊全部余党一并擒获，磔刑处死。事后，各级军政要员会议，一致推举金树仁为省主席。地方南北将领、各族王公通电拥护。南京政府亦以平乱有功，任其为新疆省主席兼总司令。
金树仁刚一履任，既绍杨增新既定方略，又开创新局：扩充师范，新建工业、无线电等学校；各县均设初等中学，凡住50户以上村寨，均设小学一所；曾多次派人到德国和日本留学，还送大批学生到内地求学。
民国18年（1929年）底，从德国购置压路机6部，并拨其工兵修通迪化至古长城473公里车路；继而又修通迪塔、迪伊、迪阿、迪哈等线，使省内各区公路互相联结。同时在新疆发展畜牧，畜牧业在新疆向来发达，尤其马、羊。为改良马、羊品种，曾派专家到苏联购来纯种马、良种卷毛羊，在迪化、伊犁、马里坤设立牧场，专饲繁殖。
为发展工业经济，先披露方针政策于报端，吁请国内外资本家来新投资，兴办实业、建设边疆。如与德国合作，在新疆开采石油；与西门子公司接洽，商请派工程师建立大型发电厂；从英国购买机器，并要求苏联提供机械设备和技术人才等。还采用官办、官督民办等形式着手开采阿山金矿和于阗金矿。如民国22年（1933年），塔城一带投入的淘金机就已有20余部。另外力施新政，改土归流，安置难民；整顿军队，新办军官学校，购枪炮、置飞机，以巩固国防。民国18年（1929年）甘肃大旱，饥民塞途，金树仁三次拨款，赈济灾民，恩被全陇，尤其对家乡临夏、永靖特捐急赈。 然当时的新疆孤悬塞外，强俄逼视，英人窥伺；中央政府鞭长莫及；邻援无望，协饷不来；地方民族，矛盾频生；加之内部所用非人，奸宄生心，盘踞要津，可谓内忧外患纷至沓来。
1933年4月12日，省府参谋处长陈中、迪化县长陶明樾、航空学校校长李笑天等辈，取得义勇军首领郑润成和“归化军”首领巴品古特支持，率众包围省府，发动了新疆“四·一二政变”。金树仁奋力抵抗，但终因众寡悬殊，力不能支，不及携带印信，被迫出走。当时，盛世才率部进至乌鲁木齐城东，按兵观望，伺机渔利。
4月13日，金树仁携眷去昌吉，后至塔城。时有俄国领使迎到绥来，表示无条件支持他恢复地方。金树仁以内部事务婉言谢绝。24日在塔城通电下野。各地将领发来电报，劝其留在塔城，与邻邦协商，以便取得帮助，反攻省城，金树仁以内部矛盾，不让外人渔利为由，皆以婉拒。并向全疆各地将领及行政长官发出“我不能图一时之快，遗万世之讥。诸君应以地方为重，勿以我为念，黄台之瓜，不堪再摘，望各严束队伍，和衷***济，以固边防，而维地方”的通电后，义无反顾，潇然离去。后假道苏境，转赴内地。
是年10月，金树仁至南昌晋谒蒋介石，继而赴南京民国政府述职。时汪精卫党羽诸民谊任行政院秘书长，恨金树仁在新疆时未以礼待，唆人控告下狱，并以金擅自与苏联订立通商协定判罪。甘宁青军政要员及士绅喇世俊、鲁大昌、邓隆、邓宝珊、裴建准、水梓、马鸿宾、马步青、马步芳、张建等20余人屡向中央政府进言为其辩护。甘宁青新各地官绅及河州各县民众，得悉金树仁被羁，亦均为其表示援解。青海省主席马麟面见蒋介石，请求释放。当时江宁法院虽要顾及行政院长汪精卫的面子，不能判金无罪，又迫于各方舆论，不敢贸然判刑。同年10月10日，国民党主席林森宣布：“金树仁与苏联政府订立临时通商协定，是为维护地方，因以获罪，应予特赦。” 获释后，金树仁先寓居南京，后举家迁至兰州，民国30年（1941年）秋9月12日卒，终年62岁，灵骨归葬永靖先茔。