从真壁清次郎开始。真壁是个民俗学者，在那个时代，由于时代进步，保留在民间的很多风俗逐渐被人们所遗忘；而他的工作就是尽量地搜集关于民俗方面的资料，研究并保留下来，留给后人。他的学生宗方良藏，和很偏僻的一个小村的叫树月/睦月的孩子认识，并且常有信件联系。某天，宗方收到信，是叫他去救纱重/八重的两姐妹。并说在他们那个村子正举行一种秘密的祭祀活动。真壁知道了这个消息，当然不会放过一个研究民俗的好机会，于是和宗方两人前往皆神村。当然基于长期的工作经验，真壁知道各种秘密的祭祀来源于某种特殊的信仰，正好他的好友麻生博士最近造了一个能拍到常人看不到东西的摄影机，于是借来，希望能拍到些什么。
到了皆神村，村子的最高地位的人（祭主）亲自出来迎接，这让真壁感到受宠若惊，不过他也没有很放在心上。祭主对于客人的到来招呼的很周到，真壁可以在祭主家查到不少资料，但是却没有看到他学生的两个朋友----树月和睦月，因为他很想从这两个人那儿了解到关于这个村子举行的秘密祭祀的内容。
这个时候，其实树月就被关在[藏]，他在仪式前就和自己的弟弟睦月约定，不要让发生在自己身上的事情再同样地发生在纱重和八重两姐妹身上。所以树月在仪式失败后，意识到很快就纱重和八重的处境时，马上通知了宗方。
然而这个时候的村人已经在为两姐妹的仪式做前期准备了。因为上一次树月/睦月兄弟仪式的失败，在新仪式开始前，需要一个"楔"来镇压"虚"，真壁的到来，让黑泽老头（纱重/八重的父亲）打消了自己充当"楔"的念头（你不入地狱谁入地狱）。两姐妹也和宗方混的很熟了，想到自己的父亲要对宗方的老师下手，心里总是不忍，于是偷偷把钥匙交给真壁，并暗示他赶快离开村子。但是真壁却没意识到事情的严重性，只是知道有什么不好的事情可能发生，就留了字条要自己的学生宗方先闪，自己殿后，顺便能搜集到什么资料。但是他失算了，被黑泽老头关了起来（就是那个很多书的房间），不过他却还在这段时间把里面的资料仔细地研究了一番并做了简要的记录。
树月知道时间不多了，就叫两姐妹赶快逃出村子。但是纱重因滑下山坡被村人抓了回来，树月觉得没有履行和弟弟的约定，自尽了。
留下一个人的纱重被自己的老爹拉去举行仪式，因为黑泽老头自己是全村地位最高的人，所以从他自己的立场出发，他虽然不希望自己的女儿死，但在这样的地位下，他是要为了全村的利益考虑的，所以一定要举行仪式。虽然只抓回来一个，但他查了前人留下的记录，知道了只有一个双子的时如何举行仪式的方法，并按着做了。当然在此之前，真壁的命不太好，受到"身削"（类似凌迟），在身上切N个伤口（不知道撒不撒盐或撒了糖扔到蚂蚁堆），然后扔进"虚"。纱重死后也被扔进"虚"。
但是仪式还是失败，连续两次失败的话，"虚"就会完全冲破原来的封印，从地狱涌出的黑暗将隔绝来自天上的阳光，而整个村子将一直笼罩在来自黄泉的黑雾中。
然后是纱重和真壁通过"虚"回来并"暴走"。。。。。。
仪式失败后，村子就被结界所笼罩，如果没有跨过地藏，就认为不能进入结界，即村子在表面上从地图上消失了。逃跑的八重后来又回去找妹妹，却发现连村子都消失了，就一个人在村口哭泣。之前宗方听从了老师的话，自己先闪，但总不放心，又回来看看到底发生什么，也找不到村子了，却发现了八重。但是八重受了很大的刺激，后来对以前的事一点也不记得了。宗方就带着八重离开了村子，后来就便宜了宗方，八重做了他老婆。（两个人好运气，居然没进入结界）
过了N年，槙村真澄，一个地质调查员，因为所在公司接手了一个叫"水神大坝"的项目，被派去"从地图消失的村子"附近进行调查。但是很不幸的是，槙村到了那个地方，就进入了被浓雾笼罩的皆神村而找不到回来的路了。包括他的女朋友（女同事？）须堂美也子同样被困住了。槙村在被困期间，仔细调查了村子，找到了不少线索，不过他不是主角，所以。。。。。。不过他找到并留下的线索为后来两姐妹能顺利离开起了不小的作用。
这里认为皆神村存在某种"结界"的。相信看过一些日本动画的朋友来说，结界的概念应该很熟悉。在开场动画中妹妹MIO走过那个双子地藏后，四周马上就变的一片阴暗，可以认为那个地藏就是结界的边界。跨过结界就进入一个被某种力量控制的区域，而笼罩皆神村的结界的源头就是"虚"，这个结界的特点就是没有出口，一般的方法是走不出去的，只有从被封印的神社地下秘道才能离开。
槙村的确很适合做调查员，他在很短的时间内就调查出离开皆神村的方法：找到四大家族持有的"家纹"就可以解除秘道的封印，从秘道离开。
但是他只是找到方法而已，并没找到家纹并解除封印，却被村人的灵攻击而惨死，而且在死后亲手杀死了美也子。（可能他看了接触了"虚"而导致心神错乱）。
以上是发生在零两姐妹来村子之前发生的事，也可以说是故事主线索的序。
又过了不知多长时间，某个下午，孪生姐妹MAYU和MIO，来到皆神村附近的一条小溪玩（就是开场动画），姐姐的脚不方便，有旧伤，那是小时候姐妹俩在山上玩时，滑下山坡留下的，一直现在，姐姐MAYU行动都不方便，走太多就会腿疼。当两姐妹背靠着坐在溪边的石头上时，树林间隐约飞过一只红蝶。。。。。。这里补充[封面描有红蝶的笔记]的一点内容。（正好不在手边，只能靠回忆了）大概的意思：描有红蝶的笔记是八重和纱重两人***用的日记本（前面大部分是两个人的日记，到最后只有纱重的了，估计是在八重逃跑后，纱重一个人记的）。有几段是纱重的日记。。。（仪式前N长时间）和姐姐到村外的小溪玩，我们在小溪边做了一个约定，要永远在一起的。。。（被抓后，只有纱重的日记部分）想和姐姐成为一体，永远的，但是姐姐为什么丢下我？但我相信姐姐不会打破两人的约定，仪式后我就会变成红蝶，我要永远和姐姐在一起，姐姐留在村子，那我就永远在村子周围，和姐姐在一起。。。姐姐肯定会在什么时候回来的，那就让我成为红蝶就在我们约定的那个地方等着，一直等着，因为姐姐一定会回来的。。。。。。（她指的那个地方应该不会是别的地方，只可能她和姐姐以前做约定的小溪边）
可见，开头动画的那只红蝶，就是纱重的化身，她一直在那里等着自己的姐姐什么时候能回来。其实可以认为纱重化身的红蝶要吸引的人并不是MAYU，而是MIO，它只是通过控制MAYU，把MIO引入森林中并进入那个结界。这里可以说明，MIO/MAYU姐妹其实就是八重/纱重的转世。因为之前的槙村/美也子在进入皆神村时并不是被红蝶吸引而进入的，只是一般意义上的误入而跨过结界。