元丰二年 (1079)，苏轼移任湖州 (浙江省吴兴县)，七月遭御史台所派遣的皇甫遵等人逮补入狱，他们指证苏轼在诗文中歪曲事实诽谤朝廷。
御史李定、何正臣、舒亶等人，举出苏轼的《杭州纪事诗》做为证据，说他“玩弄朝廷，讥嘲国家大事”，更从他的其它诗文中挖出一句二句，断章取义的给予定罪，如：“读书万卷不读律，致君尧舜知无术”，本来苏轼是说自己没有把法律一类的书读通，所以无法帮助皇帝成为像尧、舜那样的圣人，他们却指他是讽刺皇帝没能以法律教导、监督官吏；又如“东海若知明主意，应教斥卤变桑田”，说他是指责兴修水利的这个措施不对。其实苏轼自己在杭州也兴修水利工程，怎会认为那是错的呢？又如“岂是闻韶忘解味，迩来三月食无盐”说他是讽刺禁止人民卖盐。总结一句话，是认定他胆敢讥讽皇上和宰相，罪大恶极，应该处死刑。
苏轼在御史台内遭到严刑拷问，他自认难逃死罪。最后终能幸免一死。是年十二月二十八日，蒙神宗的恩赐被判流放黄州（湖北省黄冈县），苏轼被拘禁近百日，后获释离开御史台之狱。后人把这桩案件的告诉状和供述书编纂为一部《乌台诗案》。“乌台”即御史台。《汉书·朱博传》：“是时，兀御史府吏舍百余区井水皆竭；又其府中列柏树，常有野乌数千栖宿其上，晨去暮来，号曰朝夕乌。”后世便以御史府为乌府，御史台为乌台。由于这案的发起者都是御史台的言官，他们包括御史中丞李定，监察御史里行（御史台的见习史官）舒覃、何正臣等，因此称为“乌台诗案”。。
苏轼致祸的原由，除上述的“莫须有罪名”外，据说是因为得罪了当时的宰相王安石。当时人的笔记里曾记载其事。
说苏轼在朝廷当礼部尚书之时，有一日，他去王安石的书房乌斋去找王安石，王不在，苏轼见乌斋台桌上摆着一首只写得两句尚未写完的诗——“明月枝头叫，黄狗卧花心。”
苏东坡瞧了又瞧，好生质疑，觉得明月怎能在枝头叫呢？黄狗又怎幺会在花心上卧呢？以为不妥。于是提笔一改，将诗句改为“明月当空照，黄狗卧花荫”。
王安石回来后，对苏轼改他的诗极为不满，就将他贬到合浦。苏东坡到合浦后，一天，他出室外散步，见一群小孩子围在一堆花丛前猛喊：“黄狗罗罗，黑狗罗罗，快出来呀？罗罗，罗罗罗罗。”苏东坡出于好奇心，走过去问小孩喊什幺，小孩说，我们叫虫子快点出来，好捉它。苏东坡凑近花前一看，见有几条黄色、黑色象芝麻大的小虫在花蕊里蠕动。又问小孩说这是什幺虫？小孩说：黄狗虫，黑狗虫。苏东坡离开花丛，来到一棵榕树下，正碰到树上一阵清脆的鸟叫声，问旁人，这是什幺鸟叫？旁人答道：这叫明月鸟。此刻苏东坡才恍然大悟，知自己错改了王安石的诗。
这段记载的真伪已不可考。从史实上看，王安石罚苏轼，错改两句诗似乎不是王安石讨厌苏轼的真正原因。其实质上的原因，当是政治上苏轼反对王安石变法。因此之故，苏轼方有如此刑名之狱。