银杏的枝干挺拔。树皮幼时浅裂，淡灰色。随着树龄的老化，裂纹和色泽都逐渐变深。裂纹形状、长度，株间有明显差别。从条形到交叉状，长度从40厘米到100厘米不等。
实生银杏，树高可超过30米，胸径超过3米。在适宜条件下，银杏可以长成树干通直、圆满，尖削度小的优质用材。适宜的生态环境，是保证银杏长成尖削度小的优质用材的基础。处于起始地之一的浙江省临安县西天目山上的银杏，有高大的金钱松等林木伴生，加之山地腐殖土疏松肥沃，所以，植株长势更旺，树干通直，从地面起，至少有十几米长的树干，几乎上下一般粗。90年生的成年树，树高23—26米，单株材积1立方米左右，并仍处于材积生长的高峰期。
处于孤立木状态的银杏，以及偏北（如辽宁）或偏南（如广东）分布的银杏，一般主干上分枝的高度不足2米，主干上下粗细悬殊，尤其在分杈的骨干枝上下，差别更为突出。这是由于植株生长受到各种因素抑制的结果。近于轮生的骨干枝，有时会使主干的生长受到极大的抑制。这种状况尽管对生产优质木材极为不利，却有利于植株的开花结实。
银杏的木质部由带缘孔的圆形管胞所组成。部分薄壁细胞内有大粒草酸钙结晶，外观成红色，射线极不发达，有明显的年轮。银杏的皮层较厚，具小菱形或椭圆形皮孔，外表皮一般呈条状或小块状开裂，略带不同程度的交叉。
银杏主干上有大量隐芽。由这些隐芽萌发的短枝，有时也能开花结实。某种条件下，这些稳芽还会发育膨大，形成一排排肿瘤状凸起物。在主枝基部或大枝弯曲处，这种凸起物呈钟乳状，俗称“乳子”、“银乳”或“树乳”。已见的最大树乳长度超过2.0米，基部直径大于28厘米（贵州）。在树干基部，这种凸起物呈横向扩展，形成瘤状物，群众称之为“椅子”。有时在主干上能见到一排排横向排列的疣状突起，也是由银杏的不定芽发育而成的。它与树乳不同的是，见不到明显的向地性。产生这种凸起的机理尚不明确，初步推断可能与植株生长受到抑制有关。
银杏的雌株雄株都能产生树乳，但是雌株产生树乳的比例明显高于雄株。所以，群众中有“银杏只有长了树乳和椅子，才能结实”的说法。
实际上，不仅大树能长树乳，即使是一、二年生的幼苗，乃至刚播种二个月的芽苗，在根系生长受阻或其他特定条件下，其根茎以下部位，也可长出小瘤状物；相反，已经进入结实期的成年银杏也不是株株都能长出树乳。所以，把形成树乳作为进入结实期的标志，这种说法缺乏根据。究竟能否从产生树乳的难易程度对银杏的结实乃至其他性状，作出早期鉴定，也值得做些深入研究。对于树乳的形成，目前尚缺乏统一的认识。有人认为是生理现象，指出这是一种原始性状，是起源早的残留物种所***有的。有人则认为树乳的形成可能与树皮厚度有关。周皮薄就易产生树乳。还有人认为这是一种病理现象，是银杏组织受到某种外因刺激，才长出瘤状物的。但是，他们并没有确证究竟是何种微生物才导致了树乳的形成。
树乳生长具有明显的向地性。它一接触地面就能快速生根。离体树乳在适宜条件下培育，不到一个月就能长根。这些事实告诉我们，树乳是气生根。这种看法，在银杏树大幅度切根并使其根系生长受抑时可以大批量诱发树乳的事实中，又得到了进一步证实。
对刚形成的树乳做解剖，可见到数圈沿树乳皮层排列的圆形空腔。腔内充满紫色浆汁，其构造与胚根组织类同。对树乳组织作营养分析，发现其含大量淀粉。所有这一切，都说明将其判断为一种气生根组织是较为合理的。
成年树枝干部位长出的树乳，往往在枝条下垂的拐角处。这些部位，往往有水滴聚集，向下运输的有机养分也易于在这些地方累积。这就从树体的内部和外部两个方面创造了不定根形成和生长的条件。生长受阻，湿润的气候，则更加助长了这种不定根的产生，这也是树乳形成有地区性差别的根源。
科学家已经测定了根杏木材中重要有机成分的含量，甘露聚糖含量为7.06%，半乳聚糖含量为1.87%，生材甲氧基含量为2.41%，气干材甲氧基含量为4.55%，干材甲氧基含量为5.20%。银杏树皮单宁含量为10.0%，着色度为1.17。
银杏边材、内皮和外皮在碱性介质中用硝基苯氧化得到的氧化产物中，含量最高的是香草醛，其次是对羟基苯甲醛和对羟基偶氮苯，还有少量香草酸、甲酰基香草酸丁香醛等。