九曜园内曲径回廊，围栏水榭，一目了然。园内有一泓湖水，面积约440平方米，药洲、九曜石以及书院的碑刻，嵌于园内湖北廊壁之上。
北宋统一岭南后，九曜园成为士大夫泛舟觞咏、游览避暑胜地，史称“西湖”。当时，西湖有五代风格的门楼和碑廊。门楼面阔7米、进深4.8米，悬山顶。
在熙宁年间，北宋著名书法家米芾，在九曜园北岸、一块高1.5米，状如持笏的奇石上题刻“药洲”两字，并署“米黻元章题”。后来，此石被誉为“米题‘药州’石”，不久被移至广东布政使署东院及两广总督署内。
1073年。米芾在泛舟西湖时写下了《九曜石》诗，题刻在九曜园内池东石南面的一块巨石之上：
碧海出蜃阁，青空起夏云。
瑰奇蹲怪石，错落动乾文。
其中首句“碧海出蜃阁，青空起夏云”以海市蜃楼和变幻多端的夏云作比，奇石奇诗，相得益彰。这块巨石，后来因有人在其石手掌纹旁题刻了“仙掌“两字，而被誉为“仙掌石”。
继米芾游九曜园不久，一位叫许彦先的北宋书法家也至此游园。由于兴致所至，诗兴大发，他在园内北岸靠西，一块高两米，以圆石为顶，若牛头，而且四旁有十余窦相穿的“海上洲石”题刻赋诗一首：
花药氤氲海上舟，水中云影带沙流。
直应路与银潢接，槎客时来犯斗牛。
到了南宋时，广州西湖开始出现淤塞。1208年，广州经略使陈岘对西湖加以了疏淤整治。与此同时，他不仅在西湖上种植了大量白莲，号称“白莲池”，还在湖上建造了一座爱莲亭。相传，陈岘建亭“爱莲亭”，取北宋学者周敦颐所作《爱莲说》之意。
明初，广州西湖的面积仍达数百丈，还存有宝石桥喝黄鹂港等胜迹，更有高大的九曜石傲立湖中。
拂晓之时，城中万籁俱寂，旭日冉冉升起，东方彩霞满天，倒映湖中，水天一色；名石古桥染上一层金黄。碧波粼粼，涟漪荡漾。
水面上绿莲红荷，堤岸边垂柳飞絮，更显天地幽清，宁静安详，而成此“春晓”之迷人景色。此景被誉为“药洲春晓”，为当时羊城八景之一。
明嘉靖年间，有人在九曜园石堤东侧，石形像鳌鱼，高3.4米，重约25吨，号称“九曜第一石”的石底部题刻了“此即九曜第一石也”。在这座石头之上，后来还有著名书法家题刻的篆书“拜石”和隶书“龙窟”等题刻。
到了明晚期，广州西湖淤塞情况更加严重，湖面逐渐缩小，最后由湖变池，再后来水着市街的展拓，就只剩下了一个西湖路名。
“九曜园”有幸保存了下来。虽然不大，但以石为名，当年九曜石上面还镌刻着一些宋代文人的书法碑刻，其中以宋代米芾的“药洲”两字最为有名。
清时，著名书法家在游九曜园时，也曾在一块名叫“药洲石”的奇石上留下石刻。药洲石位于九曜园湖中偏西处，形如笋峰，高2.4米，上刻翁方钢题“药洲”两字。
当时，清代诗人吴兰修曾有“九星坠地化为石”、“天然九朵芙蓉瘦”等赞美九曜园的诗句。另外，清代的另一位诗人赵均的长诗也对九曜园内的九曜石曾作了逐一的描绘。
由于九曜石知名度大，以至清代，附近的华佗庙亦称“九曜古庙”，庙旁的桥也称九曜桥。附近一带形成街道后则称九曜坊。
但是，到清晚期，九曜园遗存的太湖灵璧石则只剩下米题“药洲”石、仙掌石、海上洲石、九曜第一石、药洲石、池东石、白色中空石和珠泉石8块了。
池东石位于九曜园内的东端，上下两块石相叠，上石较小，状如黑猪，下石形如巨龟，重约16吨。石身有荷叶似的泡沫小孔。白色中空石位于在“药洲”石西面，上面留有清人的题刻两处。
珠泉石坐落在九曜园内西南面，西面刻“珠泉”，东面刻“钓矶”。此外，还有较大的6块石则散落于九曜园园内西南角及西岸、北岸石间。