1079年4月，苏轼从徐州移知湖州（浙江吴兴）。正当他雄心勃勃，准备大展拳脚的时候，一场突如其来的政治风暴瞬间朝他袭来，在湖州任职仅仅3个月，就被朝廷下令逮捕了。
原来，因不满王安石新法，苏轼在《湖州谢上表》中发了几句牢骚，就被御史中丞李定、监察御史里行舒亶作为攻击、陷害的口实，对其进行弹劾。
当时的副相王琏还采用牵强附会、捕风捉影的卑劣手法，死死抓住苏轼《王复秀才所居双桧》中“根到九泉无曲处，世间惟有蛰龙知“两句描写两株桧树挺拔不曲的雄姿，抒发自己不为权贵折服的豪迈感情的诗句，作为指控苏轼对神宗”不臣“的依据。
王珪对神宗说：“陛下飞龙在天，轼以为不知己，而求地下之蛰龙，非不臣而何？”
这真是欲加之罪，何患无辞！
神宗对此很是无奈：“诗人之词，安可如此论。彼自咏桧。何预朕事？”
但神宗最后经受不住这班无耻之尤的摇唇鼓舌，最终还是命令御史台派人将苏轼拘捕入京审问。
就这样，作为一代文豪的苏轼，竟莫名其妙地锒铛入狱。昨日还是堂堂的太守，顷刻之间却成了阶下之囚。因旧时称御史台为“乌台”，所以历史上把这一事件称之为“乌台诗案”。
乌台诗案的发生，有着极为复杂的社会背景，它是北宋神宗熙宁和元丰初年变法派与反对派围绕王安石变法问题长期激烈争斗的结果，在一定程度上反映了当时北宋政治斗争的方向。
苏轼之所以成为斗争处理的对象，是因为他的政治立场。他不仅对王安石新法中的某些内容坚持反对，而且对以司马光为首的反对派的某些做法也表示异议，这样就使他遭到了变法派与反对派的***同反对。长期处于两派的夹击之中，以致朝廷没有立足之地，不得不多次要求外放。
所以，从一定意义上讲，苏轼是两派斗争的牺牲品。
当然，在攻击、陷害苏轼的朝臣中，有的是出于政治上的原因，有的还夹杂着私人的仇怨而挟嫌报复。御史中丞李定：“不服母丧，子瞻以为不孝，作诗抵之。定以为恨，劾子瞻作诗谤讪，遂下御史狱，谪居黄州。”
就这样，李定挟私报复，成为了乌台诗案中迫害苏轼的急先锋。
乌台诗案在朝野上引起了强烈反响。朝廷内外政治上同情苏轼和文学上崇拜苏轼的人都设法营救他。苏轼的弟弟苏辙，希望用自己的官职为苏轼赎罪，以求免兄一死。
宰相吴充对神宗说，曹操那么专横，尚能容忍祢衡，陛下乃尧舜之君，为什么就不能容一苏轼呢？
王安石的弟弟王安礼也说：“自古大度之主，不以言语罪人。”若杀苏轼，“恐后世谓陛下不能容才”。
王安石与苏轼虽然政见不合，但在文学上却也有***同语言。王安石在乌台诗案发生时已经罢相退居金陵，他也向神宗上书，求神宗网开一面，对苏轼从宽处理。
神宗本人对乌台诗案采取了比较慎重的态度。一方面，他看到新法的推行还没有取得积极的成果，遭到不少朝臣的非议，特别是像苏轼这样在文坛影响力巨大的人物，居然也以文字但对新法进行攻击，这使神宗对其十分恼怒。
为了新法能继续贯彻执行，也是韦了能巩固以他为首的封建政权的统治，神宗相对苏轼进行严惩，以儆效尤
但另外一方面，神宗也不能不看到，当时主张营救苏轼的人理由是重铸的，如果杀了苏轼，不但有悖于情理，而且会引起一部分朝臣的不满。
最终对苏轼的处理结果，神宗在看到苏轼在狱中看到其写给苏辙的诀别诗后，顺水推舟，将其贬为黄州团练副使。
“圣主如天万物春，小臣愚暗自忘身。百年未满 先偿债，十口无归更累人。是处青山可藏骨，他年夜 雨独伤神。与君今世为兄弟，更结来生未了因。”
乌台诗案从1079年7月28日苏轼被御史台逮捕入狱，到同年12月29日结案，历时五个月。作为此案的主要受害者苏轼绝处逢生，只作了降职处分。