元·至元二十六年（1289），元政府开凿东平安山至临清的运河河道，上接济州河、下通卫河，并以“开魏博之渠，通江淮之运，古所未有，诏赐名会通河”（《元史·世祖纪》）。元明清时期，会通河一直是南粮北运以及南北经济文化交流的重要通道，聊城也得益于京杭大运河漕运的兴盛，经济繁荣、文化昌盛达400年之久，至今聊城运河沿岸还保留着大量十余处水利工程设施及其他重要文化遗存。
京杭运河山东段全长510.6公里，始于隋炀帝大业四年（608）永济渠的开通，使涿郡（今北京）可通过水路至山东西北德州、武城、临清等地。至元二十年到二十六年（1283-1288），元政府先后用大批人力开通了济州渠和会通河，与过去经过山东境内的永济渠相连接，形成了南起微山湖、北到德州的整个山东境内的水路交通线。元代后期由于中原地区战乱不休，运河一度处于停运状态。明朝永乐年间，又对运河山东段进行全面疏浚，兴建了一系列保持水势的设施，使运河全线畅通。这种状况持续了四百年之久。清咸丰五年（1855），由于黄河改道，将山东境内运河冲为南北两段，从而无法保持全线的畅通，运河运输能力大为削弱。光绪二十七年，清政府下令废止了河运。