一、故事解析
住持的秘密
住持是“牟尼”的牵头人，冯商的人物剧本中有对"牟尼”的解释，"牟尼”众人以佛珠为暗号，单点联系牵头人，而在住持的房间内发现不同的人写给他的信，落款都有佛珠。
住持做了两件与本案有牵扯的事情，第一是在十三年前杀了苏右，从信件1可知，卢福假传消息，告诉住持苏云通敌，信件2是给苏云的信，说明住持到过苏云当时赴任时乘坐的船舱中，发现了这封可疑信件，如果用了谢砚的人物技能，可疑知道这封信件是卢福伪造的，再联系主簿以水寇行踪不定为由敷衍查案，说明这是一个主簿设下的圈套，让住持以为苏云通敌，利用住持除掉他。但住持不是坏人，他杀掉苏云，但不会伤害苏云的妻儿，再从年份上推断，本无应该是苏云之子。
第二是十年前偷了赵知县征收上来的粮草，从信件3和冯商的人物剧本可以看出，赵知县因此获罪，赵知县托孤时，住持担心引来官兵搜查，发现他偷盗的粮草，所以表面上拒绝，不料赵知县因此绝望，放火自焚。住持心怀愧疚，自那以后不再关心红尘事，一心在寺庙念经，住持在他房间挂画上的诗句中也表达了他的悔意。
所以综合来看，住持曾经直接或间接害死过人。
监院的秘密
监院有一个谜底为“情嗔”的盒子里有—本《华严经》，而住持辩经时讲的最好的便是《华严经》，监院房里的画像上画的是住持年轻时辩经的样子，仙桃庵毁于雷火，众尼姑本是暂时借住，可监院仰慕住持，所以她接任庵主之位，仙桃庵—直没有从灵山寺独立出去。她的秘密就是仰慕住持，即有心有所属之人。
散布流言的人
从西堂的信件看，有人告诉他觉能是杀害三任知县的人，如果用了谢砚的人物技能，可以得知，西堂的信正是卢福写的，卢福写信表明他不想亲自去散播，而是利用了西堂，只在西堂的房中搜到与流言相关的线索，所以基本可以确定他是散布流言的人。西堂的动机可以从本无的人物剧本和线索中的和尚语看出，西堂资质平常，住持却天生慧根，西堂甚至心怀怨恨，把怨气撒在他房间里的佛经上。
信封中佛珠的含义
从冯商的人物剧本和相关线索推断，是“牟尼”通信的暗号。
有血缘关系的
苏霁和本无，本无是苏霁的侄子。从住持的行动和年份上可以对应。
杀害张知县的凶手
从男客房的信件和相关人物剧本中推断是男香客卢福。董员外和县衙_直有勾当，刚正不阿的苏云还没到任就死了，而张知县却在县衙安稳任职了这么久的时间，说明张知县和董员外有勾当，而张知县走的时候，扬言要人财两全，大概率是在临走前，威胁董员外要封口费，董员外派卢福去刺杀并让卢福嫁祸给住持。
杀害住持的凶手和纵火者
首先通过用红梅伞、白醋和酒等对尸体进行验尸(这个可以参考宋慈的《洗冤录》，在相关电视剧里也有提到)，发现牙齿呈红色，有两处瘀痕，尸体周围的地上没有血液痕迹，得到的结果结合苏霁的技能，可知，住持死于窒息，尸体上两处瘀痕，锁骨处较明显，而胸部较浅，可以推断是掐死，死后捅刀，造成自杀的假象。
除此之外还搜到了砒霜，所以，整个案件中，涉及到的杀人手法有，下毒、掐死、捅刀。
下毒：
从冯商的技能可知白氏房里的粉末为砒霜，住持的剩饭里也可以检测出砒霜，而厨娘证实白氏独自借用过厨房，所以白氏的行动是下毒，昨晚没有人看到过白氏出门，白氏没有再去接触住持。
白氏的动机
十年前住持当年从火灾中救出色空，色空随身带着一块手帕，绣有''白果"。白氏绣工极好，且她认为丈夫和女儿在十年前死了，联系起来，可以推断色空是白氏的女儿，白氏来灵山寺上香，听到流言，认为是住持害了丈夫和女儿，决意下毒杀死住持，掐死：
当晚有谁去找了住持?
寺庙和尚看见苏霁和阿诚(根据苏霁的剧本可知阿诚是苏云忠仆莫诚)去找住持，除此之外没有再看见有人去找过住持，但是多了一个跑出来的人，再结合住持房里用了三个水杯，其中一^是住持的，另外两个是客人的，说明三人中，两个人是正当进门，—个人是偷偷溜进去的，苏霁昨晚碰到男香客出门，加上男香客有一件僧袍，推断第三个人是男香客。推车出来的是谁?偷溜进去的男香客不会明目张胆的出来，所以跑出来的人应该是阿诚，推车的是穿上僧袍伪装成阿诚的男香客。
住持死亡的过程：
车推得很艰难，说明车里的东西很重，联系住持门上勾了一些布料，说明住持曾被人拖着出门，也就是说，那时住持已经失去行动力，而住持身上没有多余的伤痕，不存在弄晕后掐死的情况，住持被拖运之前已经被掐死，且除了掐脖子以外，没有受到过其他打击。掐死他的人在男香客和阿诚之间，如果是男香客杀的，阿诚没有必要慌慌张张跑出去，也不会掩盖汨水车位置改变的情况，所以假设不成立。那么掐死他的人只能是阿诚了，而且是事先没有准备的激情杀人，他听到流言，想去询问住持，但住持坚持认为苏云通敌，他杀的是叛国贼，激怒了阿诚，失手掐死住持。
纵火：
阿诚慌慌张张逃走后，悄悄潜入的男香客换上僧袍把住持的尸体运到大雄宝殿，伪装成自杀的样子，把宝殿门从里面锁上，所以第二天苏霁众人打不开殿门，只能撞开门。男香客自然也出不去，他躲在佛像后面，留下了沾着湿泥的脚印，原本想趁第二天众人发现尸体时的混乱离开，但苏霁稳住了局面，且令人封住了现场。男香客只能纵火，趁人们救火时离开。证据是他被火烧到的僧袍，如果他是正常去救火，他不可能穿着假僧袍去。
结局-灵山团圆(投对了真凶)
事情暂时告一段落了。苏霁带着本无还了俗，本无知道真相后，依旧在觉能的牌位前磕了三个头。白氏和色空成功相认，相与归家。西堂因为散布谣言一事，引来寺僧非议，离开了灵山寺，监院看破一切，放下了职务，隐居在灵山寺的后山。
莫诚因为害死了觉能被拘留，但因苏云却为觉能误杀，苏霁为莫诚争得了无罪释放的恩准，命莫诚继续照顾本无，但莫诚觉得对不住觉能，也无法面对本无，回到了苏家老宅。
结局-古刹夜话(没投对真凶)
历来进京赶考路过信阳县的人都听过一个传说。信阳县曾经连死三任知县，香火最盛的灵山寺的一任天才住持也在佛祖面前自尽而亡，在他死之前，还有传言说是他杀了三任知县。谁也不知道这个传说是真是假，只知道现在的灵山寺香火不再，破旧不堪，只存在于信阳的夜话故事里了。
二、剧本答案
住持的秘密是什么：曾经直接或间接害死过人;
监院的秘密是什么：有心有所属之人;
谁是大力散布流言的人：西堂;
信封中的“佛珠”代表了什么：是某个民间组织通信的暗号;
在场有哪两位有血缘关系：本无、苏霁;
杀害张知县的凶手是谁：男香客;
杀害住持的凶手是谁：洒扫;
纵火的人是谁：男香客;
挖黄金答案:西一步