施琅率领舟师到达台湾，刘国轩等带领文武官员军前往迎接。施琅入台之后，自往祭郑成功之庙，对郑氏父子经营台湾的功绩作了高度的评价，并称收复台湾是为国为民尽职，对郑成功毫无怨仇。（原祭郑成功文：自同安侯入台，台地始有居民。逮赐姓启土，世为岩疆，莫可谁何。今琅赖天子威灵，将帅之力，克有兹土，不辞灭国之诛，所以忠朝廷而报父兄之职分也。独琅起卒伍，于赐姓有鱼水之欢，中间微嫌，酿成大戾。琅与赐姓，剪为仇敌，情犹臣主。芦中穷士，义所不为。公义私恩，如是则已。“祭毕，施琅哽不成声，热泪纵横。郑氏官兵和台湾百姓深受感动。赞扬施琅胸襟宽广，能以大局为重。冷静处理公义私怨的关系，远非春秋时期的伍子胥所能比拟）。
收复台湾后，清廷有不少大臣主张弃台迁界，施琅对此坚决反对。他说：“自古帝王致汉，得一土则守一土，安可以既得之封疆而复割弃？”直到1683年他率兵占领台湾后再“请于朝”，沿海迁民才“悉复其业”。于是被弃的民田“渐次垦辟”，从福建到广东，沿海“禾麦”，“一望良畴”。人民无限感激施琅，都异口同声地说：“台湾未平，此皆界外荒区。平后，而荒烟野草复为绿畦黄茂，圮墙垣复为华堂雕桷。微将军平海，吾等无以安全于永久也。”施琅复台捷报抵京时，正值中秋佳节。康熙看到全国最后一块地方势力抵抗根据地终于平定了，喜不自胜，即解所御龙袍驰赐，亲制褒章嘉许，封施琅为靖海侯，世袭罔替，令其永镇福建水师，“锁钥天南”。康熙三十六（1697年），施琅卒于住所，葬在惠安黄塘虎窟。此时康熙帝御旨追加赠太子少傅，谥襄壮，命官3次谕祭，并于泉州府学前建祠祀之。其是，“两岛八闽皆顷德”，纷纷为之树碑扬誉。十九都有“靖海侯”坊，阳义辅立康熙制诗句“上将能宣力，南纪尽风流”，同安等地立“绩光铜柱”、“泽普南天”、“勋高大树”、“泽沛甘棠”等碑坊，表彰施琅的丰功伟绩。