作品中，变换了三个地点：
①“我”在东京；
藤野先生②“我”在仙台；
③ 北京
写了六个典型事例：
1.藤野先生的第一节课——表现先生中规中矩，学究气，略有些古板；
2.上讲堂忘记带领结——对外表不拘小节；
3.添改“我”抄的讲义——表现先生对学生关心，认真负责；
4.先生纠正“我”绘的解剖图——表现他对学生的严格要求，循循善诱；
5.先生关心“我”的解剖实习——表现他对不同文化的尊重，关心学生思想意识的进步；
6.先生想了解中国女人裹脚情况 ——表现他严谨求实精神，对骨学的浓厚兴趣 。
这篇散文回忆了作者对藤野先生的真挚怀念，赞扬了他正直热诚、治学严谨、没有狭隘的民族偏见的高尚品质。作者追述了自己弃医学文的思想变化，洋溢着强烈的爱国主义思想感情。本文依据时间的推移，地点的转换和事件发生的先后顺序来记叙，有如下特点。
1、脉络分明，记叙有序：
本文以作者与藤野先生的交往为叙事的线索，围绕表现藤野先生的崇高品质这一中心组织材料。开头写东京（是作者往仙台见藤野先生的缘由），然后用设问句自然过渡。接着写初到仙台受优待（衬托藤野先生），写与藤野先生的相识、相处、离别，最后写离开仙台后对藤野先生的怀念。除回忆藤野先生这条明线外，本文还有一条内在的线索，就是作者爱国主义的思想感情变化。很多材料，如写东京清国留学生赏樱花、学跳舞，写赴仙台途中对日暮里和水户的深刻印象，写仙台医专日本“爱国青年”寻衅和看电影事件，写作者弃医从文，都围绕这条内在的线索。因此，文章篇幅虽长却脉络分明，材料虽多却井然有序。
2、选取典型事例，抓住主要特征，突出人物品质：
文中具体写了四个典型事例，从不同的侧面表现了藤野先生的高贵品质。
作者采用白描手法，写人抓特征，几笔勾勒，就甚为传神。如写藤野先生，写他的“黑瘦”“八字须”“缓慢而很有顿挫的声调”“戴着眼镜，挟着一叠大大小小的书”，衣着“模胡”，冬天穿旧外套，活画出一位生活俭朴、治学严谨的学者形象。又如写“清国留学生”，抓住了盘辫子这个细节，很能反映他们的思想本质。在清末，不少仁人志士剪辫子，表示与清王朝决裂，而这些留洋学生既要学时髦，又要表示忠于腐朽的清王朝，于是只好盘起辫子。作者用夸张的手法，揶揄的口吻，对他们的辫子进行形褒实贬的描写，揭示了这些留学生庸俗腐朽的思想本质，也反映了对他们的厌恶之情。
3、语言朴素含蓄，精练深刻，富有浓厚的感情色彩：
这篇回忆文章写的是作者终生难忘的“伟大的”人，记的是震动作者灵魂的典型的事。因此，不管是抒情议论的语言，还是写人记事的语言都饱含感情。如怀念藤野先生，作者写道：“但不知怎地，我总还时时记起他，在我所认为我师的之中，他是最使我感激，给我鼓励的一个。”“他的性格，在我的眼里和心里是伟大的……”直接抒发感激敬仰之情。再如写“清国留学生”的丑态，写赴仙台途中深刻的印象，写匿名信事件和看电影事件，写弃医从文的举动，字里行间都充溢着作者忧国忧民的深切感情。
文中充满着对藤野先生的尊敬、爱戴和怀念，但是没有溢美之辞，往往在那三言两语的叙说中，让你感受到出自作者内心深处的真挚情感。如：“我交出所抄的讲义去，他收下了，第二三天便还我，并且说，此后每一星期要送给他看一回。”这是看似很平淡的叙述语言，但其中却反映出藤野先生对作者的热情与关怀，说明他是个没有民族偏见的兢兢业业工作的教师；另外，作者写这件事情，更是为了表明他对藤野先生的崇敬与感激。再如：“我拿下来打开看时，很吃了一惊，同时也感到一种不安和感激。”这种“不安和感激”是深刻的，但是作者并没有接下去写些赞扬和抒发感情的话，而是平静地实实在在地叙述了“不安和感激”的原因：“原来我的讲义已经从头到末，都用红笔添改过了，不但增加了许多脱漏的地方，连文法的错误，也都一一订正。这样一直继续到教完了他所担任的功课：骨学、血管学、神经学”。这段话中，我们注意一下作者刻意选择的几个词（句中加点的词），它们可以使我们体味到作者对藤野先生的感情是多么强烈，也可看出他对藤野先生是多么崇敬。文中这样的例子随处可见。 [编辑本段]三、主题思想及其表现方法 关于《藤野先生》的主题思想，近年来在教学和研究中论争颇为热烈。有说主要是以作者思想感情的演变为线索，爱国主义好比一条红线贯穿全篇，主题不在写藤野先生；有说主题思想即是藤野先生的优秀品质，表现作者的爱国主义精神是次要的；有的将此二者等同一律，认为主题思想既是歌颂藤野，又是记叙自己的爱国主义思想历程的。
任何作品的主题，都是和题材紧密联系在一起，并且寓于一定的题材之中的。《藤野先生》的题材，总起来说，就是作者留学仙台期间的生活片断，包括：初到仙台的生活状况；与藤野先生相识和先生帮助自己修改讲义的情形；学习期间两件难忘的事：试卷风波和“电影”事件，还有“惜别”等等。结论得从对作品的具体分析中引出来。且让我们沿着作者的思路，看看文章写了什么和怎样写的吧。
“东京也无非是这样”：樱花烂熳的上野公园里，看到的是一群胸无救国之志、反以标志着民族压迫和封建统治的“辫子”为荣、浑浑噩噩的“大清”牌纨绔子弟的丑恶表演，留学生会馆的门房，本来值得去买几本书的，却也被他们弄得一团糟!鲁迅抱着“我以我血荐轩辕”的志向渡海而来，没料到东京竟也像南京那样乌烟瘴气。失望、痛苦、厌恶、忿怼和急切地要求学到本领以报效祖国的强烈愿望，种种萃于一身的复杂心绪，都包容在这感触良多的一句话里面了。远大的抱负与灰色的环境之间形成了尖锐的矛盾，不得不离此他去了。所以，“待到在东京的预备学校毕业，我已经决意要学医了”。跟令人生厌的东京告别，一到仙台，颇受了“优待”：不但学校不收学费，还有教职员为食宿操心；当然，更使他高兴的，是从此“听到许多新鲜的讲义”了。就在这时，鲁迅认识了解剖学教授藤野严九郎先生。
以上，写的是与藤野相识之前，自己的生活环境与思想状况。接着，便转入记叙的重点：直接写藤野了。
作者通过初见时藤野的相貌、穿着、声调，尤其是为“我”添改笔记、修正血管画图和鼓励“我”大胆解剖尸体等真切感人的细节描写，正面赞颂了藤野先生朴实厚道、待人以诚、忠于学术、潜心研究等优秀品质和个性特征。藤野对“我”的关怀，表现出一位治学严谨的学者和循循善诱的教师的特点，与前面所写的以“物以稀为贵”为出发点的职员们，形成一种对照。这之后，具体地叙写了仙台经历中两件终生难忘的事件：试卷的风波和电影的教训。这两件事可以说是“穿插”的；但绝非与写藤野“无关”。这里用受了狭隘民族主义、军国主义毒害和嫉妒心很重的部分日本青年，来反衬藤野先生的正直无私、心胸广阔的品德，通过对比，藤野的形象显得更高大了。时事影片事件的侮辱和刺激，从此“我的意见却变化了”：毅然决然弃医从文，这样自然只好与藤野先生“惜别”了。“惜别”这个细节，写得格外婉切动人，学生的“慰安他的谎话”和先生的凄然的叹息，以及接受邀约，赠送相片与临别叮嘱等等，有限的文辞之中蕴含着无限的深情!离开仙台之后，仍然没有离开写藤野先生，不过改变了角度：写先生对“我”的影响，写“我”对先生的眷念，写“我”从先生身上得到的启示和汲取的“勇气”和力量——总之，写了埋藏在“我”心中的“永久的纪念”。
可见，全文实如标题所示，自始至终是写藤野先生的。歌颂和怀念藤野先生的优秀品质是全篇的中心内容。全文依照与藤野相交的经过记叙，自然地形成三大部分：结识藤野之前的情况，结识藤野之后的种种，与藤野惜别以后的怀念。文章是顺着到仙台之前、到仙台之后、离别仙台之后的时间次序记叙的。
然而，这篇作品在思想的容量上，比上面说的要丰富得多，它的主题思想也不止于对藤野个人的赞颂和怀念。如果我们进一步思索一下：藤野先生为什么能如此关怀爱护一个中国学生？是什么力量决定了鲁迅与藤野之间如此深厚的情谊？形成这种情谊的根基是什么？为什么鲁迅对藤野先生特别感激在心？我以为这是作品所告诉我们的更为深刻的内容，是作品的主题开掘得更深之所在，自然也就成为我们理解作品的主题思想更需探究的地方。
作者在严谨的结构和精练的文字里，偶或直接点明，更多是委婉透露：藤野对鲁迅这个异域学生的特殊关怀和精心培育，是基于对他的爱国主义精神的同情和尊重，或者不妨说，是鲁迅的救国救民的抱负吸引了、感动了藤野先生。这在文章直接记叙藤野的那些细节里虽未大事铺陈，可是，这个唯一的中国留学生发愤图强的精神，表现在学习上的不用说了，就是生活上，比如睡觉不畏蚊虫叮咬、吃饭能喝下难以下咽的芋梗汤的艰苦生活，作为老师的藤野，即便未曾目睹，也不会从不耳闻。
事实上，鲁迅逝世之后，藤野回忆起当年的学生时，就有这样的印象：尽管他身在异乡，却不以为苦。可见他是看到了这个青年为了使国家复兴，不惜艰苦奋斗的志气的。透过一些细节的含蓄的描写，我们不是可以窥见藤野的思想了么？文章在记叙了与藤野的交往以后，更有一段明白地写出了藤野先生的思想动机的话，便是：“他的对于我的热心的希望，不倦的教诲，小而言之，是为中国，就是希望中国有新的医学；大而言之，是为学术，就是希望新的医学传到中国去。”这段精彩的议论是全篇的画龙点睛之笔。作品的主题思想当然是通过全篇的叙述、描写和议论各个方面表现出来的，并不仅仅表现在这段议论里；但是这里的议论却是主题的升华，它将前面对于藤野先生品德的赞颂，作了更深入的开掘。作为学者的藤野，他的目光望着世界范围内的医学，自己希望能为新医学的发展贡献力量（故说“大而言之”）。“为学术”是他的全部思想行为的准则。他是从“为学术”的总目标出发来“为中国”的——“希望中国有新的医学”。在他身上，“为中国”与“为学术”是一致的。这正是一个对来自“弱国”的学生抱着同情与尊重而又矢志于医学事业的正直学者的伟大“性格”的最集中的表现。而鲁迅去仙台学医，想用医学来“为中国”图富强，所以，“为中国”与“为学术”也是一致的。
总之，“为中国”与“为学术”，既是藤野爱护鲁迅的出发点，也是他们师生之间产生友谊的基础。这六个字实在把藤野的思想品德和性格特点上升到更高的境界了。藤野先生“最使我感激”的，说到底，正是感激他的“为中国”“为学术”的崇高思想和品德。尽管先生善良的愿望只是出于科学救国论，而鲁迅所持有的这种救国论在仙台已经被无情的现实所击碎，因而弃医从文，他的爱国主义和革命民主主义思想有了新的发展；尽管藤野对于鲁迅中途辍学改变志愿并不很理解，但是，对于一位善良正直的日本学者来说，能如此同情和尊重一个“弱国”学生的抱负，并且持着同情的态度，实在是非常可贵的了。
如上所述，一面是爱国主义的抱负和志向，一面是对于这种爱国主义的同情与尊重。爱中国、“为中国”是沟通两颗心的渠道，是维系两人友情的纽带，是作品的内在线索（或者说主心骨）。全篇的基本内容是记叙作者与藤野的师生情谊，赞颂藤野的崇高品德，作为贯穿全篇的内在线索则是爱国主义——说完整些，是作者的爱国主义思想感情，和藤野对它的尊重。二者是明与暗，外在与内在的关系，如此看来，写爱国主义精神与写藤野的品质，非但不相对立，而且是相得益彰的了。这正是理解主题思想的关键。
总之，鲁迅这篇关于留日生活的“回忆的记事”，以记叙藤野先生为中心内容，以作者的爱国主义思想感情为内在线索，通过直接描写和间接表现、正面记叙与反面衬托，深情地赞颂了藤野先生正直高尚的思想品德、严肃认真的科学态度和一丝不苟的工作作风，特别是“为学术”“为中国”的伟大精神，以及他对作者自己的深刻影响。这篇文章，从内容到形式，都是朴实无华的，它不依靠惊人的题材、离奇的故事和俏丽的语言，却开掘了如此深刻的主题。古人论文有言：“惟造平淡难。”《藤野先生》可谓范例。